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- PDB-8bdj: VCB in complex with compound 30 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bdj

タイトル

VCB in complex with compound 30

要素

(Elongin-B) x 2
Elongin-C
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

キーワード

LIGASE / PROTAC / degrader / complex / E3 ligase / VHL / VCB / VH032

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Sorrell, F.J. / Mueller, J.E. / Lehmann, M. / Wegener, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Systematic Potency and Property Assessment of VHL Ligands and Implications on PROTAC Design.
著者: Krieger, J. / Sorrell, F.J. / Wegener, A.A. / Leuthner, B. / Machrouhi-Porcher, F. / Hecht, M. / Leibrock, E.M. / Muller, J.E. / Eisert, J. / Hartung, I.V. / Schlesiger, S.

履歴

登録	2022年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bdj.cif.gz	574.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bdj.ent.gz	478.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bdj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bdj_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8bdj_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	8bdj_validation.cif.gz	73.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bdiC 8bdlC 8bdmC 8bdnC 8bdoC 8bdsC 8bdtC 8bdxC 8bebC 5nw1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (32)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (5)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
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EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (5)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
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コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: Elongin-B

B: Elongin-C

C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

D: Elongin-B

E: Elongin-C

F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

G: Elongin-B

H: Elongin-C

I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

J: Elongin-B

K: Elongin-C

L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

ヘテロ分子

168 kDa, 12 ポリマー
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A: Elongin-B

B: Elongin-C

C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42 kDa, 3 ポリマー
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D: Elongin-B

E: Elongin-C

F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 3 ポリマー
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G: Elongin-B

H: Elongin-C

I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 3 ポリマー
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J: Elongin-B

K: Elongin-C

L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.334, 93.334, 365.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	MET	MET	A	A	1 - 103	1 - 103
2	1	MET	MET	MET	MET	D	D	1 - 103	1 - 103
1	2	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 104	1 - 104
2	2	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 104	1 - 104
1	3	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 104	1 - 104
2	3	MET	MET	LYS	LYS	J	J	1 - 104	1 - 104
1	4	MET	MET	CYS	CYS	B	B	16 - 112	1 - 97
2	4	MET	MET	CYS	CYS	E	E	16 - 112	1 - 97
1	5	MET	MET	CYS	CYS	B	B	16 - 112	1 - 97
2	5	MET	MET	CYS	CYS	H	H	16 - 112	1 - 97
1	6	MET	MET	CYS	CYS	B	B	16 - 112	1 - 97
2	6	MET	MET	CYS	CYS	K	K	16 - 112	1 - 97
1	7	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	62 - 203	11 - 152
2	7	VAL	VAL	GLN	GLN	F	F	62 - 203	11 - 152
1	8	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	62 - 205	11 - 154
2	8	VAL	VAL	ARG	ARG	I	I	62 - 205	11 - 154
1	9	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	62 - 205	11 - 154
2	9	VAL	VAL	ARG	ARG	L	L	62 - 205	11 - 154
1	10	MET	MET	MET	MET	D	D	1 - 103	1 - 103
2	10	MET	MET	MET	MET	G	G	1 - 103	1 - 103
1	11	MET	MET	MET	MET	D	D	1 - 103	1 - 103
2	11	MET	MET	MET	MET	J	J	1 - 103	1 - 103
1	12	MET	MET	CYS	CYS	E	E	16 - 112	1 - 97
2	12	MET	MET	CYS	CYS	H	H	16 - 112	1 - 97
1	13	MET	MET	CYS	CYS	E	E	16 - 112	1 - 97
2	13	MET	MET	CYS	CYS	K	K	16 - 112	1 - 97
1	14	VAL	VAL	GLN	GLN	F	F	62 - 203	11 - 152
2	14	VAL	VAL	GLN	GLN	I	I	62 - 203	11 - 152
1	15	VAL	VAL	GLN	GLN	F	F	62 - 203	11 - 152
2	15	VAL	VAL	GLN	GLN	L	L	62 - 203	11 - 152
1	16	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 104	1 - 104
2	16	MET	MET	LYS	LYS	J	J	1 - 104	1 - 104
1	17	MET	MET	CYS	CYS	H	H	16 - 112	1 - 97
2	17	MET	MET	CYS	CYS	K	K	16 - 112	1 - 97
1	18	VAL	VAL	ILE	ILE	I	I	62 - 206	11 - 155
2	18	VAL	VAL	ILE	ILE	L	L	62 - 206	11 - 155

NCSアンサンブル:

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 12分子 ADGBEHKCFILJ

#1: タンパク質	Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2 分子量: 11748.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質	Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL 分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質	Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2 分子量: 11852.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 2種, 429分子

#5: 化合物	ChemComp-QE0 / (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{S})-1-[4-chloranyl-2-(2-methoxyethoxy)phenyl]ethyl]-1-[(2~{R})-3-methyl-2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 508.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₄ClN₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10-20% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 mM Compound soak

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.016→91.33 Å / Num. obs: 88515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.016→2.168 Å / 冗長度: 24.4 % / R_merge(I) obs: 2.69 / Mean I/σ(I) all: 1.4 / Num. measured obs: 108028 / Num. unique obs: 4426 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.772 / R_rim(I) all: 2.799

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5nw1

5nw1

解像度: 2.02→91.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 11.74 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.2306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2394	4449	5 %	RANDOM
R_work	0.1941	-	-	-
obs	0.1964	84066	82.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.92 Å² / B_iso mean: 57.375 Å² / B_iso min: 29.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→91.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10791	0	140	425	11356
B_iso mean	-	-	59.04	51.68	-
残基数	-	-	-	-	1351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	11192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.66	15209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.327	1.599	24560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.462	5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.791	21.279	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.051	15	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.642	15	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2518

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3048	0.08
1	2	D	3048	0.08
2	1	A	3101	0.07
2	2	G	3101	0.07
3	1	A	3122	0.07
3	2	J	3122	0.07
4	1	B	2684	0.06
4	2	E	2684	0.06
5	1	B	2629	0.06
5	2	H	2629	0.06
6	1	B	2646	0.06
6	2	K	2646	0.06
7	1	C	4520	0.07
7	2	F	4520	0.07
8	1	C	4545	0.07
8	2	I	4545	0.07
9	1	C	4563	0.07
9	2	L	4563	0.07
10	1	D	3036	0.06
10	2	G	3036	0.06
11	1	D	3036	0.07
11	2	J	3036	0.07
12	1	E	2628	0.06
12	2	H	2628	0.06
13	1	E	2647	0.06
13	2	K	2647	0.06
14	1	F	4493	0.07
14	2	I	4493	0.07
15	1	F	4488	0.08
15	2	L	4488	0.08
16	1	G	3113	0.06
16	2	J	3113	0.06
17	1	H	2665	0.05
17	2	K	2665	0.05
18	1	I	4641	0.07
18	2	L	4641	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.068 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	15	-
R_work	0.339	267	-
obs	-	-	3.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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57	X-RAY DIFFRACTION	57	F	136 - 174
58	X-RAY DIFFRACTION	58	F	175 - 185
59	X-RAY DIFFRACTION	59	F	186 - 195
60	X-RAY DIFFRACTION	60	F	196 - 204
61	X-RAY DIFFRACTION	61	G	1 - 6
62	X-RAY DIFFRACTION	62	G	7 - 16
63	X-RAY DIFFRACTION	63	G	17 - 29
64	X-RAY DIFFRACTION	64	G	30 - 41
65	X-RAY DIFFRACTION	65	G	42 - 53
66	X-RAY DIFFRACTION	66	G	54 - 61
67	X-RAY DIFFRACTION	67	G	62 - 69
68	X-RAY DIFFRACTION	68	G	70 - 84
69	X-RAY DIFFRACTION	69	G	85 - 94
70	X-RAY DIFFRACTION	70	G	95 - 104
71	X-RAY DIFFRACTION	71	H	16 - 20
72	X-RAY DIFFRACTION	72	H	21 - 30
73	X-RAY DIFFRACTION	73	H	31 - 40
74	X-RAY DIFFRACTION	74	H	41 - 47
75	X-RAY DIFFRACTION	75	H	48 - 65
76	X-RAY DIFFRACTION	76	H	66 - 79
77	X-RAY DIFFRACTION	77	H	80 - 86
78	X-RAY DIFFRACTION	78	H	87 - 94
79	X-RAY DIFFRACTION	79	H	95 - 101
80	X-RAY DIFFRACTION	80	H	102 - 112
81	X-RAY DIFFRACTION	81	I	62 - 68
82	X-RAY DIFFRACTION	82	I	69 - 78
83	X-RAY DIFFRACTION	83	I	79 - 105
84	X-RAY DIFFRACTION	84	I	106 - 116
85	X-RAY DIFFRACTION	85	I	117 - 134
86	X-RAY DIFFRACTION	86	I	135 - 155
87	X-RAY DIFFRACTION	87	I	156 - 184
88	X-RAY DIFFRACTION	88	I	185 - 194
89	X-RAY DIFFRACTION	89	I	195 - 200
90	X-RAY DIFFRACTION	90	I	201 - 206
91	X-RAY DIFFRACTION	91	J	1 - 5
92	X-RAY DIFFRACTION	92	J	6 - 25
93	X-RAY DIFFRACTION	93	J	26 - 44
94	X-RAY DIFFRACTION	94	J	45 - 50
95	X-RAY DIFFRACTION	95	J	51 - 56
96	X-RAY DIFFRACTION	96	J	57 - 64
97	X-RAY DIFFRACTION	97	J	65 - 72
98	X-RAY DIFFRACTION	98	J	73 - 84
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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