PDB-8bdd: Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL17 alginate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bdd

タイトル

Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL17 alginate lyase

要素

Alginate lyase family protein

キーワード

LYASE / (alpha/alpha)6 barrel / beta-sheet / dimer / alginate lyase

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like protein / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / lyase activity / NICKEL (II) ION / Alginate lyase family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Roenne, M.E. / Tandrup, T. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 4件

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Three alginate lyases provide a new gut Bacteroides ovatus isolate with the ability to grow on alginate.
著者: Ronne, M.E. / Tandrup, T. / Madsen, M. / Hunt, C.J. / Myers, P.N. / Moll, J.M. / Holck, J. / Brix, S. / Strube, M.L. / Aachmann, F.L. / Wilkens, C. / Svensson, B.

履歴

登録	2022年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8bdd.ent.gz	471.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bdd_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bdd_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8bdd_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	8bdd_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bdqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase family protein

B: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

166 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
82.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
82.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.590, 120.950, 90.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.760, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Alginate lyase family protein 分子量: 82697.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: F3B53_17945, F3D71_17485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M5BZE4
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 25 % (w/v) polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→48.21 Å / Num. obs: 217247 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.27 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.82
反射シェル	解像度: 1.61→1.67 Å / Num. unique obs: 20326 / CC_1/2: 0.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	8	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 1.61→48.21 Å / SU ML: 0.2559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2179
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2119	2276	1.05 %
R_work	0.1896	214520	-
obs	0.1899	216796	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→48.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11308	0	2	755	12065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	11602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8096	15730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	2030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1936	4150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.65	0.4134	127	0.4423	12006	X-RAY DIFFRACTION	89.29
1.65-1.69	0.3632	143	0.3427	13482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2925	144	0.2808	13482	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.73-1.77	0.274	142	0.245	13460	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.77-1.83	0.2425	143	0.2202	13461	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.83-1.89	0.2806	143	0.2045	13473	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.89-1.95	0.2508	143	0.2023	13498	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.95-2.03	0.2151	143	0.2046	13475	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.03-2.12	0.2102	144	0.2003	13483	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.12-2.24	0.2208	142	0.1868	13469	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.38	0.2284	144	0.1927	13518	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.38-2.56	0.2179	143	0.1964	13493	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.56-2.82	0.2137	144	0.1921	13530	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.82-3.22	0.1951	143	0.1897	13517	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.22-4.06	0.1932	144	0.1714	13552	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.06-48.21	0.1878	144	0.1655	13621	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.861074271615	0.155179486968	0.136857843324	1.19867109893	-0.598868913554	0.625714489707	0.0388157979085	-0.075744628881	-0.163227408081	0.207601055557	-0.0486713757021	-0.00276383845399	-0.0791603046266	-0.054730436495	2.63050967768E-5	0.302088449191	0.00468508192316	-0.000567435224509	0.278610167149	-0.0123927620082	0.249200121914	-10.6838951409	-18.4944900404	11.1714305796
2	0.262582369957	-0.0089386955715	-0.227226259983	0.535980190874	-0.51661889748	0.971937687881	-0.0406133372395	-0.0360807888449	0.0598767462005	0.141693721326	0.0440378885323	0.19466874599	-0.225288431087	-0.151483447653	2.15590228344E-6	0.318317047807	0.038124130775	-0.0117994827194	0.258921149549	-0.0442791617471	0.27377566729	-15.2822949374	-3.43112557322	3.64009096759
3	1.29633756357	-0.467887754571	0.157932498977	0.706319265567	-0.479833187432	0.278794131013	-0.0546833735123	-0.116317111578	0.114831444561	0.0360702673148	-0.0487578553207	-0.0684472660325	-0.176372310025	-0.0515735564623	-3.62646945185E-5	0.283152176275	0.0131806647649	0.000387348508892	0.258784808571	-0.0202843793625	0.22513360819	2.84888667449	-4.82647545762	-4.24585574352
4	0.814420882934	0.157829871768	0.355940015364	0.515871479481	-0.221905376854	0.298431617179	0.0648076433053	0.0979699267206	-0.296346844703	-0.217680378232	-0.0409669793109	-0.064309294397	0.0913756535574	0.0125186891157	-5.84880740414E-5	0.27889559705	0.016900476898	0.0116718524437	0.251604125081	-0.0273481217851	0.325999606351	11.7465802014	-15.7546744024	-0.913748293758
5	0.807241507733	-0.0531652209705	0.147401024701	0.943069011768	-0.00686021993476	1.27184537626	-0.0251678477485	0.00297496852006	0.0109833890459	-0.0140252805579	-0.0638950929079	0.0341080805964	-0.121013527171	-0.0522738837526	-2.21428370864E-5	0.192292232192	0.000715259678081	0.00768433800496	0.157926056849	0.0401784055091	0.226891174248	26.7384018456	10.3362034505	9.05873914882
6	1.13957077293	-0.0952225524779	-0.092766871049	0.767352798991	0.178237050815	1.10801962702	-0.0585545216381	0.0807952637858	-0.0684942186217	-0.0760884258963	-0.0820895346028	-0.183006010614	-0.00534344557636	0.212048821162	-0.000687677510743	0.228528402393	-0.00371660529766	0.0262261296441	0.238807311309	0.0769579057217	0.305257550754	38.980926773	8.45359070009	3.23415028691
7	3.08427653645	-0.0991373014376	0.298075528467	0.505326726983	0.0307935484782	0.977755440656	-0.024888689378	0.264369315587	0.097189960062	-0.0841853667517	0.0392876219854	-0.0491527000618	-0.0943468310432	0.145574102441	-0.00191405026648	0.237171786208	-0.0314948276376	-0.0107927969555	0.162511723559	0.00899876187831	0.205361152046	47.7007097529	-25.6150902414	35.3626072147
8	1.16804901613	-0.148422201154	0.325355164668	1.16423895889	-0.337045032477	1.1030782759	0.00864795993218	-0.109985158854	-0.047525620752	0.0129671399537	-0.00785940424988	0.0625593145741	-0.00813338248737	-0.0657407931103	8.33054513235E-5	0.191414826578	0.0185598937982	0.0153770662701	0.22986009941	-0.0293856655539	0.182160530134	17.0535255742	-2.46828046253	45.419998649

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 123 )	A	A	24 - 123	1 - 100
2	2	chain 'A' and (resid 124 through 218 )	A	A	124 - 218	101 - 195
3	3	chain 'A' and (resid 219 through 321 )	A	A	219 - 321	196 - 298
4	4	chain 'A' and (resid 322 through 388 )	A	A	322 - 388	299 - 365
5	5	chain 'A' and (resid 389 through 627 )	A	A	389 - 627	366 - 604
6	6	chain 'A' and (resid 628 through 738 )	A	A	628 - 738	605 - 715
7	7	chain 'B' and (resid 24 through 388 )	B	B	24 - 388	1 - 365
8	8	chain 'B' and (resid 389 through 738 )	B	B	389 - 738	366 - 715

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)