[日本語] English
万見
- PDB-8bdb: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Griffithsia ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdb
タイトルRibulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Griffithsia monilis
要素
  • (Ribulose bisphosphate carboxylase large ...) x 2
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / carbon dioxide fixation / photorespiration / lyase (carbon-carbon)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Multifunctional fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Griffithsia monilis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Andersson, I. / Gunn, L.H.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2015-05007 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023
タイトル: Grafting Rhodobacter sphaeroides with red algae Rubisco to accelerate catalysis and plant growth.
著者: Zhou, Y. / Gunn, L.H. / Birch, R. / Andersson, I. / Whitney, S.M.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
K: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
L: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
N: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
O: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,319196
ポリマ－558,12916
非ポリマー13,190180
水57,5403194
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
N: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
O: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
N: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
O: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,378196
ポリマ－558,18716
非ポリマー13,191180
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
2
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
K: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
L: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
K: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
L: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,260196
ポリマ－558,07116
非ポリマー13,189180
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.328, 131.925, 196.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

21E-702-

HOH

31E-881-

HOH

41G-899-

HOH

51M-878-

HOH

-
要素

-
Ribulose bisphosphate carboxylase large ... , 2種, 8分子 ACGKOEIM

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase rbcL


分子量: 53616.914 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase rbcL
由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / 参照: UniProt: A7UM67, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase rbcL


分子量: 53558.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / 参照: UniProt: A7UM67, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 BDFHJLNP

#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / Multifunctional fusion protein / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase rbcS


分子量: 16170.936 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia monilis (真核生物) / 参照: UniProt: A7UM68
#5: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 4種, 3366分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物...
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, lithium sulphate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.6 Å / Num. obs: 578867 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 25785 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.857 / Rrim(I) all: 1.238 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BWV

1bwv


解像度: 1.7→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.399 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 1980 5 %RANDOM
Rwork0.1578 ---
obs0.1588 549779 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.13 Å2 / Biso mean: 18.2 Å2 / Biso min: 8.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20.29 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39120 0 832 3194 43146
Biso mean--28.6 24.84 -
残基数----4926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01941109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0238862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.95955487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.909389166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55754910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00623.7981967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.264156758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.36415286
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.26021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02146168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029730
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 1963 -
Rwork0.305 37361 -
all-39324 -
obs--91.47 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る