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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bd1 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the RhsPWHH-RhsPI toxin-immunity pair | ||||||||||||
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![]() | TOXIN / Vibrio parahaemolyticus / Type-VI secretion system effector / Rhs toxin / WHH domain | ||||||||||||
機能・相同性 | WHH domain-containing protein / A nuclease of the HNH/ENDO VII superfamily with conserved WHH / Knr4/Smi1-like domain superfamily / RHS protein / RHS protein / Rhs repeat-associated core / SMI1/KNR4 family protein / Type IV secretion protein Rhs![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chao, W.C.H. / Wu, H.W. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | Macao, 3件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the RhsPWHH-RhsPI toxin-immunity pair 著者: Chao, W.C.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14725.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CA163_08985 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15242.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CA163_08980 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M potassium sodium tartrate and 19% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→25.79 Å / Num. obs: 76480 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.53 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.38 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.31 Å / Num. unique obs: 7488 / CC1/2: 0.85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→25.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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