PDB-8bd1: Crystal structure of the RhsPWHH-RhsPI toxin-immunity pair

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bd1

タイトル

Crystal structure of the RhsPWHH-RhsPI toxin-immunity pair

要素

SMI1/KNR4 family protein
Type IV secretion protein Rhs

キーワード

TOXIN / Vibrio parahaemolyticus / Type-VI secretion system effector / Rhs toxin / WHH domain

機能・相同性

WHH domain-containing protein / A nuclease of the HNH/ENDO VII superfamily with conserved WHH / Knr4/Smi1-like domain superfamily / RHS protein / RHS protein / Rhs repeat-associated core / SMI1/KNR4 family protein / Type IV secretion protein Rhs

機能・相同性情報

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Chao, W.C.H. / Wu, H.W. / Li, H.

資金援助

Macao, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the RhsPWHH-RhsPI toxin-immunity pair
著者: Chao, W.C.H.

履歴

登録	2022年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bd1.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bd1.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bd1_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bd1_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	8bd1_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8bd1_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type IV secretion protein Rhs

B: SMI1/KNR4 family protein

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type IV secretion protein Rhs

B: SMI1/KNR4 family protein

A: Type IV secretion protein Rhs

B: SMI1/KNR4 family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.580, 51.580, 206.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1498- HOH

#1: タンパク質	Type IV secretion protein Rhs / RhsPWHH 分子量: 14725.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: CA163_08985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A227JDU1
#2: タンパク質	SMI1/KNR4 family protein / RhsPI 分子量: 15242.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: CA163_08980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8UU71
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M potassium sodium tartrate and 19% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→25.79 Å / Num. obs: 76480 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 18.53 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.38
反射シェル	解像度: 1.26→1.31 Å / Num. unique obs: 7488 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.26→25.79 Å / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	3907	5.11 %
R_work	0.1979	72573	-
obs	0.1989	76480	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→25.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2031	0	0	254	2285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	2078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7661	2812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0831	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	362
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8689	272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.28	0.3187	137	0.2859	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.28-1.29	0.2924	136	0.2641	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.2745	130	0.2527	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.31-1.33	0.2717	142	0.2422	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.2581	149	0.2425	2480	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.35-1.37	0.2358	160	0.2361	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.2681	131	0.2378	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.2617	143	0.2285	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.41-1.43	0.2733	167	0.2304	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.275	156	0.2224	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.46-1.49	0.2373	122	0.2242	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.52	0.251	127	0.2199	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.55	0.2152	139	0.2104	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.55-1.59	0.2159	147	0.2081	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.59-1.63	0.2385	126	0.2054	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.63-1.67	0.2371	139	0.2011	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.72	0.2366	128	0.2	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.78	0.1861	148	0.2007	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.84	0.2375	134	0.202	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.91	0.2344	124	0.2024	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2	0.2101	130	0.205	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.11	0.2167	130	0.2024	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.24	0.2243	143	0.1904	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.41	0.2186	134	0.1963	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.65	0.1936	169	0.2069	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-3.03	0.1865	131	0.2041	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.04-3.82	0.2052	137	0.1822	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-25.79	0.2282	148	0.1785	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.77

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)