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- PDB-8bcx: Crystal structure of NrfA-1 from Geobacter metallireducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bcx
タイトルCrystal structure of NrfA-1 from Geobacter metallireducens
要素Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrite reductase / cytochrome c / dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Denkhaus, L. / Siffert, F. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 2023
タイトル: An unusual active site architecture in cytochrome c nitrite reductase NrfA-1 from Geobacter metallireducens.
著者: Denkhaus, L. / Siffert, F. / Einsle, O.
履歴
登録2022年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
B: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
C: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
D: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,01938
ポリマ－220,3054
非ポリマー13,71534
水13,061725
1
A: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4579
ポリマ－55,0761
非ポリマー3,3818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,55310
ポリマ－55,0761
非ポリマー3,4779
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4579
ポリマ－55,0761
非ポリマー3,3818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,55310
ポリマ－55,0761
非ポリマー3,4779
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.085, 91.965, 123.939
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.06, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)


分子量: 55076.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: nrfA-1, Gmet_0294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: Q39YY5, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 0.1 M ammonium sulfate, 22.5 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.734 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.734 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→122.39 Å / Num. obs: 92671 / % possible obs: 62.1 % / 冗長度: 53.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.94→2.17 Å / Num. unique obs: 4634 / CC1/2: 0.855

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.941→122.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 4540 -RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1945 92671 62.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9928 Å20 Å2-0.2822 Å2
2--5.9416 Å20 Å2
3----2.9488 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→122.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13813 0 930 725 15468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8720592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3138HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15218HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1812SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12116SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.87
LS精密化 シェル解像度: 1.941→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 96 -
Rwork0.2686 --
obs--5.5 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7681-0.1154-0.25140.9071-0.08341.4463-0.0358-0.20450.1595-0.20450.04630.12330.15950.1233-0.0106-0.08420.0442-0.0085-0.0066-0.0164-0.104634.560421.612530.3008
22.2942-0.6118-1.16381.15180.6122.16650.182-0.2727-0.2568-0.2727-0.02840.286-0.25680.286-0.1535-0.1106-0.00410.02780.0260.007-0.095433.210367.642439.9222
30.63040.0415-0.0650.3763-0.15584.595-0.0312-0.13870.1226-0.13870.0165-0.77480.1226-0.77480.0148-0.0998-0.0087-0.00430.0869-0.0015-0.1274-7.905231.552523.6956
40.8944-0.07210.58160.3316-0.22933.80080.0355-0.09670.0029-0.0967-0.0124-0.53420.0029-0.5342-0.0231-0.09190.0418-0.0010.006-0.0073-0.0964-8.8319-14.711833.529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A39 - 488
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A501 - 505
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B38 - 488
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B501 - 505
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C34 - 488
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C501 - 505
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D34 - 488
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D501 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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