PDB-8bcq: N-terminal domain of Plasmodium berghei glutamyl-tRNA synthetase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bcq

タイトル

N-terminal domain of Plasmodium berghei glutamyl-tRNA synthetase (native crystal structure)

要素

Glutamate--tRNA ligase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA / protein complex / Cell surface protein / multi-aminoacyl-tRNA synthetase complex (MARS-MSC) / GST-like domain / aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional proteins (AIMP)

機能・相同性

機能・相同性情報

methionyl glutamyl tRNA synthetase complex / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium berghei ANKA (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Benas, P. / Jaramillo Ponce, J.R. / Frugier, M. / Sauter, C.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-IDEX-0002	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR 20-SFRI-0012	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0023	フランス

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Solution X-ray scattering highlights discrepancies in Plasmodium multi-aminoacyl-tRNA synthetase complexes.
著者: Jaramillo Ponce, J.R. / Theobald-Dietrich, A. / Benas, P. / Paulus, C. / Sauter, C. / Frugier, M.

履歴

登録	2022年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bcq.cif.gz	527.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bcq.ent.gz	369 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bcq_validation.pdf.gz	503.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bcq_full_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示
XML形式データ	8bcq_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	8bcq_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bhdSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDQ37N-terminal GST-like domain of Plasmodium berghei cytosolic glutamyl-tRNA synthetase SASBDB: SASDQ47N-terminal GST-like domain of Plasmodium berghei tRNA import protein SASBDB: SASDQ57The scaffold of Plasmodium berghei multi aminoacyl-tRNA synthetase complexes SASBDB: SASDQ67Plasmodium berghei multi aminoacyl-tRNA synthetase complex, Q-complex containing the GST-like domains of tRNA import protein, glutamyl-tRNA synthetase and glutaminyl-tRNA synthetase SASBDB: SASDQ77Plasmodium berghei multi aminoacyl-tRNA synthetase complex, M-complex containing the GST-like domains of tRNA import protein, glutamyl-tRNA synthetase and methionyl-tRNA synthetase

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate--tRNA ligase

B: Glutamate--tRNA ligase

C: Glutamate--tRNA ligase

D: Glutamate--tRNA ligase

E: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

151 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

A: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, see primary citation, light scattering, see primary citation, SAXS, see primary citation
61.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glutamate--tRNA ligase

C: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, see primary citation, light scattering, see primary citation
60.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Glutamate--tRNA ligase

E: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

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59.4 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Glutamate--tRNA ligase

B: Glutamate--tRNA ligase

C: Glutamate--tRNA ligase

D: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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5

A: Glutamate--tRNA ligase

B: Glutamate--tRNA ligase

C: Glutamate--tRNA ligase

D: Glutamate--tRNA ligase

E: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

A: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
181 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.979, 88.683, 169.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.130, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- HOH

#1: タンパク質	Glutamate--tRNA ligase 分子量: 29647.863 Da / 分子数: 5 / 変異: A2, B2, C2, D2, E2: insertion (cloning artifact) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei ANKA (ネズミマラリア原虫) 株: Anka / 遺伝子: PBANKA_1362000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A509AR09, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 % 解説: Small and fragile crystals initially diffracting only at 5 angstroms were obtained. Their diffraction limit was further improved up to 2.7 angstroms by microseeding.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein concentration: 6 to 9 mg/mL 0.1 M HEPS-NaOH pH 7.5, 1.4-1.5 M ammonium sulfate, 20% (v/v) glycerol and using microseeding. Temp details: use of incubators

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月11日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.16 Å / Num. obs: 50722 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 82.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07188 / R_pim(I) all: 0.02919 / R_rim(I) all: 0.07767 / Net I/σ(I): 14.81
反射シェル	解像度: 2.703→2.799 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 4911 / CC_1/2: 0.759 / CC star: 0.929 / R_pim(I) all: 0.4809 / R_rim(I) all: 1.277 / % possible all: 97.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_4701	位相決定
PHENIX	dev_4701	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BHD

8bhd

解像度: 2.7→47.16 Å / SU ML: 0.4038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4257
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	2535	5 %
R_work	0.1993	48153	-
obs	0.201	50688	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 121.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8433	0	154	16	8603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	8753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3761	11789
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0389	1287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	1443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.726	3202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.75	0.4248	126	0.4279	2518	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.75-2.81	0.3703	144	0.3297	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.87	0.2726	149	0.2934	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.87-2.94	0.3128	146	0.2681	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.94-3.01	0.2613	144	0.2463	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.01-3.09	0.262	129	0.2381	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.09-3.18	0.3095	140	0.2473	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.29	0.3234	139	0.2678	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.29-3.4	0.2887	139	0.2312	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.4-3.54	0.2409	140	0.2199	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.7	0.2302	143	0.197	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.7-3.9	0.2444	138	0.1846	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.9-4.14	0.2068	145	0.1886	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.46	0.1867	143	0.1671	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.91	0.1879	138	0.164	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.62	0.225	144	0.1841	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.62-7.07	0.2496	142	0.2153	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
7.08-47.16	0.2104	146	0.171	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84574803751	0.401834615205	-0.398223059258	0.966506300121	0.0735932460347	3.5572524801	0.159525326831	-0.181362955269	-0.285955472785	-0.0296112625606	-0.103595594776	0.0322539840075	0.205473763786	0.245784913949	-2.06370133532E-5	0.57860481603	-0.0420505281362	-0.0590749576602	0.498248004744	0.103892336024	0.772909106102	43.0695275833	21.2771911362	94.2548005406
2	3.41100367779	-0.646124347187	-0.243807002381	1.48141588141	0.0173298955042	0.610969744743	0.137268736969	-0.223813537782	0.16883706868	-0.00567599046405	-0.0702986149739	0.00596215240506	-0.136880947739	-0.188461615942	6.18814366074E-5	0.584231909795	-0.0844856210818	0.0667652909931	0.529792802534	0.00700123343555	0.633099982706	27.0632131059	30.9449783734	92.9841777925
3	0.244892425256	-0.611846645066	0.268426286325	2.23792931773	-0.177029103886	2.21012170519	0.14874343408	-0.165436600416	-0.14941880365	-0.00880536267243	-0.0992754965802	0.333787172581	0.248919630565	-0.048717894744	3.03804508432E-6	0.56655043692	0.0585518603526	-0.00943360759579	0.567275331381	-0.00739346639277	0.744848010574	11.5313729342	39.2961629373	69.7746879857
4	0.35891454206	0.103102308631	-0.06711503211	-0.00263844332015	0.0163705990305	-0.0130243047151	0.558217931823	0.0271130401979	0.746091363903	-0.695655724733	-0.470384970749	0.287516533207	-0.330578806787	-0.385412153984	-0.000692284472071	0.740339661557	0.258455861453	-0.149857113495	0.822391072645	-0.0105997142465	1.13664673123	-0.566329822352	52.5482826638	57.2515668829
5	0.391012236035	-0.454334331175	0.0723809411939	0.267338048572	0.40641439716	0.739219389154	-0.0120192895977	0.647682650761	0.317816856577	-0.55775352936	0.0951002047807	-0.556135080245	-0.224763609962	0.900401735636	5.45158723726E-5	0.578568438593	0.107285946826	0.0537775250378	0.672777911683	0.0299389064593	0.969379058057	17.075583706	60.9729910836	64.3002547402
6	0.713554796339	-1.37910853248	-0.803290416624	2.56211620239	1.27505068801	0.895675424205	-0.26711719139	-0.258653103045	0.438349720527	0.381647247769	0.0871636927616	-0.188482610154	-0.104810376125	-0.00307716594313	2.19994142353E-5	0.590209554825	0.0887969452789	0.0087838037728	0.617828355062	-0.0320400422041	0.815534047204	10.4712406198	59.27625883	76.5956651965
7	0.0982103522925	0.239062923409	-0.439093644949	0.756859252242	-0.64396421014	0.924078755537	0.256717794205	1.05316718024	0.836076194239	-0.906757721216	-0.0406540929114	0.104488903752	-0.513631580722	-0.165590925041	0.00220888243652	1.06352448307	0.260368743734	0.0771835959137	1.04727885895	0.297114365536	1.01658382084	15.485455765	56.3633522918	40.83109475
8	1.13710094281	-0.0315684257959	-0.84913539551	0.209379618369	-0.0493872012106	0.494614489655	0.364406596189	0.914605104979	0.111983056787	-0.0688168849278	-0.366847679908	0.692773134435	0.19441797988	-0.131019804421	-2.70174195786E-5	0.789868964479	0.242844070601	-0.0816159254226	0.944754867825	0.0482814361062	0.878926807301	10.5992165263	46.2370122018	49.6327166714
9	1.54627130279	-0.248707497644	-0.912946946749	1.00969719093	0.470427960295	1.90504548915	0.427431468112	0.161019919016	0.0787450637992	-0.228906765635	-0.162133920561	-0.188683248527	0.275632192407	0.338392902456	0.0323956546443	0.7683340711	0.33959392434	0.0686690329257	0.916675278946	0.0133328680675	0.609010095099	28.4093800016	40.8020754742	44.9519691276
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 116 )	A	A	5 - 116	1 - 86
2	2	chain 'A' and (resid 117 through 227 )	A	A	117 - 227	87 - 197
3	3	chain 'B' and (resid 5 through 99 )	B	B	5 - 99	1 - 75
4	4	chain 'B' and (resid 100 through 116 )	B	B	100 - 116	76 - 92
5	5	chain 'B' and (resid 117 through 153 )	B	B	117 - 153	93 - 129
6	6	chain 'B' and (resid 154 through 227 )	B	B	154 - 227	130 - 203
7	7	chain 'C' and (resid 6 through 66 )	C	C	6 - 66	1 - 52
8	8	chain 'C' and (resid 67 through 116 )	C	C	67 - 116	53 - 87
9	9	chain 'C' and (resid 117 through 227 )	C	C	117 - 227	88 - 198
10	10	chain 'D' and (resid 7 through 99 )	D	D	7 - 99	1 - 72
11	11	chain 'D' and (resid 100 through 134 )	D	D	100 - 134	73 - 104
12	12	chain 'D' and (resid 135 through 226 )	D	D	135 - 226	105 - 196
13	13	chain 'E' and (resid 7 through 17 )	E	E	7 - 17	1 - 11
14	14	chain 'E' and (resid 18 through 34 )	E	E	18 - 34	12 - 28
15	15	chain 'E' and (resid 35 through 60 )	E	E	35 - 60	29 - 47
16	16	chain 'E' and (resid 61 through 99 )	E	E	61 - 99	48 - 72
17	17	chain 'E' and (resid 100 through 115 )	E	E	100 - 115	73 - 82
18	18	chain 'E' and (resid 116 through 133 )	E	E	116 - 133	83 - 100
19	19	chain 'E' and (resid 134 through 155 )	E	E	134 - 155	101 - 122
20	20	chain 'E' and (resid 156 through 166 )	E	E	156 - 166	123 - 133
21	21	chain 'E' and (resid 167 through 184 )	E	E	167 - 184	134 - 151
22	22	chain 'E' and (resid 185 through 194 )	E	E	185 - 194	152 - 161
23	23	chain 'E' and (resid 195 through 207 )	E	E	195 - 207	162 - 174
24	24	chain 'E' and (resid 208 through 224 )	E	E	208 - 224	175 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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