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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bcj
タイトルCrystal structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with NADP+
要素Probable short-chain dehydrogenase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PA3128 / P. aeruginosa / NADP+ / SDR
機能・相同性Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / IMIDAZOLE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L(+)-TARTARIC ACID / Probable short-chain dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)BL587/5-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2022年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable short-chain dehydrogenase
B: Probable short-chain dehydrogenase
C: Probable short-chain dehydrogenase
D: Probable short-chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,57315
ポリマ-105,7914
非ポリマー3,78111
23,3291295
1
A: Probable short-chain dehydrogenase
B: Probable short-chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8218
ポリマ-52,8962
非ポリマー1,9256
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
2
C: Probable short-chain dehydrogenase
D: Probable short-chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7527
ポリマ-52,8962
非ポリマー1,8565
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.689, 143.000, 72.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-647-

HOH

21D-703-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Probable short-chain dehydrogenase


分子量: 26447.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA3128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZ96
#2: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O6
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1295 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1 M imidazol, pH 8.2, 1.1 M K/Na tartrate, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→44.62 Å / Num. obs: 337928 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 1486813
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.15-1.170.6271596166090.7350.3350.7072.299.9
6.3-44.620.033987422850.9980.0180.03833.999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8BCI
解像度: 1.15→34.12 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1491 17043 5.05 %
Rwork0.1351 320767 -
obs0.1358 337810 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.27 Å2 / Biso mean: 14.1588 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→34.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7311 0 580 1305 9196
Biso mean--10.41 25.77 -
残基数----995
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.160.215460.21831062711173100
1.16-1.180.21675660.21111059811164100
1.18-1.190.20935580.20521057211130100
1.19-1.210.19625770.19881063311210100
1.21-1.220.20446370.19091054011177100
1.22-1.240.19265710.19061054811119100
1.24-1.260.21065490.18881066611215100
1.26-1.280.19555860.18331058511171100
1.28-1.30.18565490.17791060511154100
1.3-1.320.18515630.17011062911192100
1.32-1.340.19225700.16981060511175100
1.34-1.360.17535160.16241065711173100
1.36-1.390.17765550.15741071211267100
1.39-1.420.16765490.14961064011189100
1.42-1.450.1625460.14581067711223100
1.45-1.480.15966330.13731060411237100
1.48-1.520.13645540.12631067611230100
1.52-1.560.14175620.12231065311215100
1.56-1.610.13145460.12191071411260100
1.61-1.660.13555870.12051067011257100
1.66-1.720.13275570.1181069111248100
1.72-1.790.14385640.12171071411278100
1.79-1.870.14075680.12241077711345100
1.87-1.970.13535590.12011069711256100
1.97-2.090.13465670.11961075211319100
2.09-2.250.1295960.1151070411300100
2.25-2.480.12985690.1151079711366100
2.48-2.840.13315730.12411086611439100
2.84-3.570.14295980.12541090811506100
3.57-34.120.14035720.1289112501182299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03730.0188-0.0310.02550.01560.0398-0.0158-0.09140.0360.09490.02560.03250.02430.02370.00190.10150.0218-0.00480.1095-0.01050.0739-164.654174.6114238.271
20.0760.0311-0.01230.02150.02090.0366-0.0345-0.12640.02670.07950.08110.0183-0.027-0.05530.00210.12510.0377-0.00310.1378-0.00840.0801-169.1112181.0473242.2032
30.05630.0072-0.01480.01530.01440.016-0.0171-0.10440.06490.0230.0435-0.0624-0.02760.0743-00.15680.0221-0.00170.1249-0.02310.092-164.1635183.9223238.8604
40.0722-0.04820.02910.0323-0.01260.0178-0.0039-0.07220.23930.15530.0313-0.1094-0.06050.1947-0.00030.1677-0.007-0.02080.1386-0.0410.1397-157.2754189.5919236.0195
50.099-0.022-0.13520.07550.03150.1388-0.015-0.01760.02610.02610.05030.0087-0.0739-0.03610.01630.07330.0132-0.00060.08410.00070.0789-169.5986181.2457221.6208
60.0112-0.0182-0.04090.17870.00030.0986-0.0038-0.01420.09450.02910.0182-0.0662-0.07460.01250.00690.08190.0028-0.00270.0812-0.01180.1016-156.8651184.3735224.9617
70.0507-0.0044-0.08950.1228-0.02770.1824-0.01010.00880.01090.01180.01650.0123-0.0125-0.0040.0090.05660.0075-0.00040.0723-0.00240.0718-165.3834174.084220.4595
80.0273-0.0144-0.02380.0160.00440.00850.0405-0.0075-0.1061-0.0257-0.03040.08890.0047-0.0594-0.00010.08450.0141-0.00350.0998-0.01940.1261-181.3013163.7691222.4779
90.04580.0191-0.00540.0966-0.00480.0477-0.0047-0.0165-0.00250.01650.02230.01170.00980.00340.00380.07130.01040.00040.0802-0.00610.0904-161.5506164.6298227.7976
100.0493-0.0348-0.04150.03820.01180.02370.00790.0998-0.0135-0.09670.0011-0.0496-0.094-0.0435-00.10940.0027-0.00860.11780.00660.0768-167.5765186.516186.399
110.1435-0.015-0.09180.05-0.05580.08460.01270.0420.0334-0.07940.004-0.0173-0.08450.0260.00190.1138-0.0028-0.01050.09250.00450.0802-160.9695187.3942188.3742
120.06130.00420.04340.01930.02320.0728-0.16970.02120.0051-0.12620.0716-0.0879-0.07530.0015-0.00380.205-0.05130.03810.16280.02450.1373-157.769195.2098184.2747
130.08110.0680.00150.0430.00380.0053-0.06770.02010.0513-0.04330.0757-0.0175-0.0271-0.0384-00.1458-0.00910.00040.09010.0090.0831-164.8771193.5578191.2507
140.05290.00470.04690.01520.01250.04510.0521-0.03960.1318-0.1371-0.03330.1022-0.0796-0.1412-0.00180.15160.0194-0.02470.1180.01460.1102-173.0828195.3144195.3782
150.1004-0.1123-0.120.26520.03240.1374-0.01980.01360.0292-0.00980.01750.0114-0.0715-0.01530.01360.06810.0054-0.00810.07270.00240.0708-166.0252186.3889205.0364
160.0433-0.03510.01630.0527-0.00410.2447-0.0035-0.008-0.0116-0.0020.0136-0.0012-0.00590.00330.01060.0578-0.0019-0.00460.0735-0.00090.0782-160.0244178.18204.1158
170.02260.0136-0.02380.00760.00120.0150.00530.0042-0.05020.00310.0075-0.09260.02060.0036-00.0756-0.0036-0.01010.1002-0.00430.1204-142.611174.2963199.3853
180.0478-0.0461-0.00640.0443-0.00960.01780.01020.0028-0.0105-0.01960.01730.02110.02770.01830.00250.0725-0.0045-0.00560.0847-0.00090.0882-161.2625172.2169192.9801
190.06990.0580.03770.0694-0.05610.1018-0.0254-0.0576-0.02830.09270.0212-0.02760.02650.01370.00120.11710.02640.01490.09070.0080.0733-155.7226143.2798231.9469
200.0179-0.01630.00080.00720.00330.0099-0.0688-0.0926-0.01330.1576-0.0601-0.02480.190.083900.1820.0344-0.0150.13190.00570.1164-148.5597137.605237.0877
210.09310.0508-0.00670.028-0.00560.0066-0.0569-0.03570.01090.05440.0239-0.00560.09660.054800.15530.02250.00640.0853-0.00190.083-155.6084136.1076228.5375
220.1118-0.1059-0.00710.2906-0.04970.1801-0.0197-0.0083-0.01840.03450.02480.02660.05140.00680.02640.07690.00760.01150.06160.00160.0691-157.7395143.1947215.8503
230.0394-0.0778-0.01110.22290.0130.0722-0.0092-0.00410.0190.01820.02310.00390.01690.00370.01290.06520.00830.00560.0753-0.00230.0757-157.2349151.3256216.4401
240.048-0.1184-0.00340.29590.0191-0.024-0.0119-0.01260.01010.02640.0286-0.0333-0.00580.00950.01260.07860.01170.00160.0844-0.00520.0957-153.2898158.8275224.4802
250.0335-0.02880.00750.02320.00720.02010.04880.1288-0.0049-0.1873-0.02120.03680.1085-0.02570.0010.15780.0006-0.00440.11570.00250.0763-162.0919154.5929181.1722
260.030.01640.00550.0270.01860.00340.04910.1383-0.0057-0.4096-0.02430.01540.2142-0.019-0.02660.2946-0.0015-0.03870.1327-0.0050.0719-163.9279148.2683176.9042
270.22390.00420.06180.0599-0.11830.2663-0.0060.0998-0.0852-0.22240.00340.00530.04360.0194-0.0010.28080.0188-0.02050.1267-0.01610.06-159.539146.5045179.851
280.18110.099-0.0440.1113-0.06380.06040.06840.0357-0.1439-0.2292-0.0691-0.06020.04590.12530.00550.22950.04370.02980.1525-0.02120.0905-150.1339142.535182.8879
290.054-0.09070.00660.23160.10070.0812-0.03250.0342-0.0318-0.08350.04320.0420.1298-0.02860.00170.0998-0.0107-0.00280.0771-0.00180.0833-164.4565144.0067200.5903
300.0672-0.03620.00340.0561-0.03190.03510.11770.0082-0.0568-0.167-0.0793-0.09210.11290.06280.01070.11870.02790.0510.1029-0.00140.0964-145.3519151.0348190.5693
310.0348-0.05070.07440.2962-0.11610.16940.00450.0015-0.0017-0.04030.01750.03660.0414-0.00810.01470.0657-0.0055-0.00250.0687-0.00030.0721-162.6423154.3901199.329
320.01280.00130.01080.01520.00480.0020.01140.0105-0.00680.0152-0.02050.22950.0697-0.055700.1019-0.01660.00390.11020.00650.1865-180.9625159.2526197.6267
330.0534-0.03750.02880.0804-0.06530.04750.00880.0112-0.0163-0.0330.02470.01410.01180.002800.0788-0.0014-0.00270.0822-0.00070.0894-162.2659164.4539191.4426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 49 )A25 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 63 )A50 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 78 )A64 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 101 )A79 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 102 through 135 )A102 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 136 through 202 )A136 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 203 through 218 )A203 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 219 through 248 )A219 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -1 through 12 )B-1 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 36 )B13 - 36
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 37 through 49 )B37 - 49
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 50 through 63 )B50 - 63
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 64 through 78 )B64 - 78
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 79 through 135 )B79 - 135
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 136 through 202 )B136 - 202
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 203 through 218 )B203 - 218
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 219 through 248 )B219 - 248
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 0 through 36 )C0 - 36
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 37 through 49 )C37 - 49
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 50 through 63 )C50 - 63
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 64 through 154 )C64 - 154
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 155 through 202 )C155 - 202
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 203 through 248 )C203 - 248
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 24 )D1 - 24
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 25 through 49 )D25 - 49
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 50 through 63 )D50 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 64 through 78 )D64 - 78
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 79 through 113 )D79 - 113
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 114 through 135 )D114 - 135
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 136 through 202 )D136 - 202
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 203 through 218 )D203 - 218
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 219 through 248 )D219 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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