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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bcj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with NADP+ | ||||||
![]() | Probable short-chain dehydrogenase | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / PA3128 / P. aeruginosa / NADP+ / SDR | ||||||
機能・相同性 | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / IMIDAZOLE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L(+)-TARTARIC ACID / Probable short-chain dehydrogenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 著者: Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 617.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 530.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bciSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26447.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA3128 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TLA / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.1 M imidazol, pH 8.2, 1.1 M K/Na tartrate, 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.15→44.62 Å / Num. obs: 337928 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 1486813 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.3 %
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8BCI 解像度: 1.15→34.12 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.27 Å2 / Biso mean: 14.1588 Å2 / Biso min: 5.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→34.12 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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