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Yorodumi- PDB-8bcj: Crystal structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bcj | ||||||
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Title | Crystal structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with NADP+ | ||||||
Components | Probable short-chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / PA3128 / P. aeruginosa / NADP+ / SDR | ||||||
Function / homology | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / IMIDAZOLE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L(+)-TARTARIC ACID / Probable short-chain dehydrogenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The structure of short-chain dehydrogenase PA3128 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Authors: Popp, M.A. / Vit, A. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bcj.cif.gz | 617.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bcj.ent.gz | 530.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bcj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bcj_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bcj_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 8bcj_validation.xml.gz | 53.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8bcj_validation.cif.gz | 81.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bciSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26447.836 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: PA3128 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZ96 #2: Chemical | ChemComp-TLA / #3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.1 M imidazol, pH 8.2, 1.1 M K/Na tartrate, 0.2 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918409 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→44.62 Å / Num. obs: 337928 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 1486813 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 4.3 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8BCI Resolution: 1.15→34.12 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 13.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.27 Å2 / Biso mean: 14.1588 Å2 / Biso min: 5.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.15→34.12 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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