+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bbv | |||||||||
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Title | Coproporphyrin III - LmCpfC complex soaked 2min with Fe2+ | |||||||||
Components | Coproporphyrin III ferrochelatase | |||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / ferrochelatase activity metal ion binding heme b biosynthesis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information coproporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / heme biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | |||||||||
Authors | Gabler, T. / Hofbauer, S. | |||||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2023 Title: Iron insertion into coproporphyrin III-ferrochelatase complex: Evidence for an intermediate distorted catalytic species. Authors: Gabler, T. / Dali, A. / Sebastiani, F. / Furtmuller, P.G. / Becucci, M. / Hofbauer, S. / Smulevich, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bbv.cif.gz | 233.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bbv.ent.gz | 157.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bbv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bbv_validation.pdf.gz | 837.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bbv_full_validation.pdf.gz | 838.8 KB | Display | |
Data in XML | 8bbv_validation.xml.gz | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8bbv_validation.cif.gz | 17.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/8bbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/8bbv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8oflC 8ommC 8at8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 35632.074 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Strain: ATCC BAA-679 / EGD-e / Gene: cpfC, hemH, lmo2211 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q8Y565, coproporphyrin ferrochelatase |
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-Non-polymers , 6 types, 39 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-HT9 / | #5: Chemical | ChemComp-FE2 / | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.3 Details: 17.455% PEG MME 2000 0.2 M Calciumacetat 0.1 M BIS-Tris pH 6.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.9686 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2022 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→34.3 Å / Num. obs: 15035 / % possible obs: 99.79 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0613 / Rpim(I) all: 0.0613 / Rrim(I) all: 0.08669 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.268 Å / Rmerge(I) obs: 0.6036 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.583 / CC star: 0.858 / Rpim(I) all: 0.6036 / Rrim(I) all: 0.8537 / % possible all: 99.87 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8AT8 Resolution: 2.19→34.3 Å / SU ML: 0.3232 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.0111 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→34.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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