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万見
- PDB-8bbr: Determination of the structure of active tyrosinase from bacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbr
タイトルDetermination of the structure of active tyrosinase from bacterium Verrucomicrobium spinosum
要素Core tyrosinase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Tyrosinase / Copper / Verrucomicrobium spinosum / PPO
機能・相同性COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種Verrucomicrobium spinosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Fekry, M. / Dave, K. / Badgujar, D. / Aurelius, O. / Hamnevik, E. / Dobritzsch, D. / Danielson, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other private 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: The Crystal Structure of Tyrosinase from Verrucomicrobium spinosum Reveals It to Be an Atypical Bacterial Tyrosinase.
著者: Fekry, M. / Dave, K.K. / Badgujar, D. / Hamnevik, E. / Aurelius, O. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core tyrosinase
B: Core tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,50316
ポリマ－73,5162
非ポリマー98714
水12,394688
1
A: Core tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2688
ポリマ－36,7581
非ポリマー5107
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Core tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2358
ポリマ－36,7581
非ポリマー4777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.298, 63.443, 117.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1A
d_2ens_1B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNAA34 - 3511 - 318
d_22ALAALABB36 - 3513 - 318

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要素

#1: タンパク質 Core tyrosinase


分子量: 36757.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Verrucomicrobium spinosum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: tyrosinase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→116.37 Å / Num. obs: 75699 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / Num. unique obs: 3073 / CC1/2: 0.362

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z11, 4Z12, 5CE9

4z11

4z12

5ce9


解像度: 1.64→116.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.723 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 3875 5.2 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1922 71195 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.95 Å2 / Biso mean: 25.752 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å2-0 Å20.74 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→116.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5179 0 26 692 5897
Biso mean--46.21 36.08 -
残基数----643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0125429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.6477408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4061.56910768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.895651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39821.646328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64915765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6531541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021310
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: ens_1 / 数: 11706 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 217 -
Rwork0.455 3846 -
all-4063 -
obs--71.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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