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- PDB-8bbo: SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-36 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbo
タイトルSARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-36 Fab
要素
  • IGH@ protein
  • Immunoglobulin kappa light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / BA.2 mAb / RBD / BA.2-36
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane ...immunoglobulin complex / adaptive immune response / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface glycoprotein / Immunoglobulin kappa light chain / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Rapid escape of new SARS-CoV-2 Omicron variants from BA.2-directed antibody responses.
著者: Aiste Dijokaite-Guraliuc / Raksha Das / Daming Zhou / Helen M Ginn / Chang Liu / Helen M E Duyvesteyn / Jiandong Huo / Rungtiwa Nutalai / Piyada Supasa / Muneeswaran Selvaraj / Thushan I de ...著者: Aiste Dijokaite-Guraliuc / Raksha Das / Daming Zhou / Helen M Ginn / Chang Liu / Helen M E Duyvesteyn / Jiandong Huo / Rungtiwa Nutalai / Piyada Supasa / Muneeswaran Selvaraj / Thushan I de Silva / Megan Plowright / Thomas A H Newman / Hailey Hornsby / Alexander J Mentzer / Donal Skelly / Thomas G Ritter / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Eleanor Barnes / Susanna J Dunachie / / Cornelius Roemer / Thomas P Peacock / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: In November 2021, Omicron BA.1, containing a raft of new spike mutations, emerged and quickly spread globally. Intense selection pressure to escape the antibody response produced by vaccines or ...In November 2021, Omicron BA.1, containing a raft of new spike mutations, emerged and quickly spread globally. Intense selection pressure to escape the antibody response produced by vaccines or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection then led to a rapid succession of Omicron sub-lineages with waves of BA.2 and then BA.4/5 infection. Recently, many variants have emerged such as BQ.1 and XBB, which carry up to 8 additional receptor-binding domain (RBD) amino acid substitutions compared with BA.2. We describe a panel of 25 potent monoclonal antibodies (mAbs) generated from vaccinees suffering BA.2 breakthrough infections. Epitope mapping shows potent mAb binding shifting to 3 clusters, 2 corresponding to early-pandemic binding hotspots. The RBD mutations in recent variants map close to these binding sites and knock out or severely knock down neutralization activity of all but 1 potent mAb. This recent mAb escape corresponds with large falls in neutralization titer of vaccine or BA.1, BA.2, or BA.4/5 immune serum.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Spike glycoprotein
H: IGH@ protein
L: Immunoglobulin kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4464
ポリマ－70,2243
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.141, 99.141, 86.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22935.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8B6RM54
#2: 抗体 IGH@ protein


分子量: 23849.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 抗体 Immunoglobulin kappa light chain / Immunoglobulin kappa light chain EU


分子量: 23439.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% (v/v) PEG400, 0.1M imidazole pH7.0 and 24% (w/v) PEG MME 5000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→55 Å / Num. obs: 21850 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 64.52 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.46 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1103 / CC1/2: 0.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PS6

7ps6


解像度: 2.75→49.57 Å / SU ML: 0.4107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.6982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1102 5.06 %
Rwork0.2242 20668 -
obs0.2256 21770 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 14 0 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46746622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.34971739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.870.31161130.33792538X-RAY DIFFRACTION98.08
2.87-3.030.35571530.30152542X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.210.34381200.29722612X-RAY DIFFRACTION99.96
3.22-3.460.33141170.27472599X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.810.29221660.24862554X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.360.23011280.20562600X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.50.19661610.17692581X-RAY DIFFRACTION100
5.5-49.570.21631440.18322642X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39998855016-0.03778093574732.09826530840.1331086499290.1462619576731.924354954220.643779088774-0.008366661714580.930991121137-0.889967706008-0.355549476935-0.171442574439-1.607180365261.10024791202-0.1799430810111.25521358064-0.3341009394860.3094327993540.929836758925-0.2305577817230.765018806655-33.36509842713.273462984821.30879266791
25.08577836764-2.22839059616-2.036590646145.803304541615.340890780564.881164905350.56779292425-0.5009493639371.67844384927-0.109086120441-0.4392173861390.145010636865-2.414431270510.267321936216-1.530577984831.65960712548-0.6456637257210.9679253659761.09607940533-0.137943102520.281661311033-29.285135361611.0522676453-5.63561616447
37.31064673625-1.12424841323-4.2318503963.62951165616-1.443092737756.380142579540.810543676923-0.5590345524231.321484852120.4835577813670.548062767004-0.743727888349-1.28634264226-0.0860368662211-0.4148693021971.34344848206-0.7393078253030.1115584196431.26984412343-0.6098305910870.667113067575-26.432510224713.280164667610.2621690989
4-0.01195104338920.0338669919928-0.014839300550.00402458241832-0.008596765664570.021013061782-0.212751405590.3275048319991.55532044826-0.447567097053-0.320461969995-0.726085798888-1.23222470379-0.207239691590.02974155779011.96971109605-0.3818185031370.3604789004661.223128493690.05524655553521.65802358658-20.110417999118.76337911970.252222464716
52.17730972308-0.775205389851-1.548704519292.400177623650.8308401892652.910097370580.210564305156-0.6471311878040.27124784577-0.146345171560.0542496415773-0.682360165821-0.6563352991491.43549704301-0.2709520173230.594659897632-0.2275018670060.04872322778061.2486942793-0.2393449363150.647989415452-24.0538008279-4.534754705736.26883007698
60.1445001372330.54064753192-0.03957583230043.96009559182-0.08642031641220.0544359612597-0.247947073030.0277182932682-0.535376344216-0.781353691669-0.406017053107-1.47406133290.2911305818580.1087567366440.01764294355180.7957215244810.1362712389950.06066876652351.386649602980.07533606821691.07203526245-20.5785316853-26.7726487977-0.0589722745294
72.193250419172.672173313671.261361870363.409496917462.55495459246.612134913010.512603051547-1.0289527805-0.7885521891551.73207017801-0.578459376147-1.907125421841.974708184210.7833700250150.7503110206730.8757025833660.190896716756-0.08862536019641.208627965260.2640545543081.05861066146-25.5723844752-25.68866937483.74281385817
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'R' and (resid 335 through 353 )RA335 - 3531 - 19
22chain 'R' and (resid 354 through 364 )RA354 - 36420 - 30
33chain 'R' and (resid 365 through 380 )RA365 - 38031 - 46
44chain 'R' and (resid 381 through 394 )RA381 - 39447 - 60
55chain 'R' and (resid 395 through 469 )RA395 - 46961 - 135
66chain 'R' and (resid 470 through 479 )RA470 - 479136 - 145
77chain 'R' and (resid 480 through 494 )RA480 - 494146 - 160
88chain 'R' and (resid 495 through 515 )RA495 - 515161 - 181
99chain 'H' and (resid 1 through 16 )HC1 - 161 - 16
1010chain 'H' and (resid 17 through 100 )HC17 - 10017 - 100
1111chain 'H' and (resid 101 through 125 )HC101 - 125101 - 125
1212chain 'H' and (resid 126 through 140 )HC126 - 140126 - 140
1313chain 'H' and (resid 141 through 209 )HC141 - 209141 - 209
1414chain 'H' and (resid 210 through 222 )HC210 - 222210 - 222
1515chain 'L' and (resid 1 through 18 )LD1 - 181 - 18
1616chain 'L' and (resid 19 through 61 )LD19 - 6119 - 61
1717chain 'L' and (resid 62 through 101 )LD62 - 10162 - 101
1818chain 'L' and (resid 102 through 112 )LD102 - 112102 - 112
1919chain 'L' and (resid 113 through 142 )LD113 - 142113 - 142
2020chain 'L' and (resid 143 through 154 )LD143 - 154143 - 154
2121chain 'L' and (resid 155 through 173 )LD155 - 173155 - 173
2222chain 'L' and (resid 174 through 211 )LD174 - 211174 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る