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- PDB-8bbi: Crystal structure of Xyn11 double mutant L271S, K275H from Psedot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbi
タイトルCrystal structure of Xyn11 double mutant L271S, K275H from Psedothermotoga thermarum
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / xylanase / ester-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudothermotoga thermarum DSM 5069 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-105838RB-C33 スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Xyn11 double mutant L271S, K275H from Pseudothermotoga thermarum
著者: Cea-Rama, I. / Sanz Aparicio, J.
履歴
登録2022年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,45310
ポリマ－86,4242
非ポリマー1,0298
水4,954275
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7275
ポリマ－43,2121
非ポリマー5154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7275
ポリマ－43,2121
非ポリマー5154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.324, 95.549, 101.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 340 / Label seq-ID: 24 - 356

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylanase


分子量: 43212.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudothermotoga thermarum DSM 5069 (バクテリア)
遺伝子: Theth_1636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: F7YXD6, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-IPT / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE / 1-(ISOPROPYLTHIO)-BETA-GALACTOPYRANSIDE / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-galactoside / IPTG


タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O5S
識別子タイププログラム
isopropyl-1-b-D-thiogalactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 8.5, 0.2M Na formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979185 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.77 Å / Num. obs: 51806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4197 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.29 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.5.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NL2

7nl2


解像度: 2.1→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.194 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2674 5.2 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1627 49073 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.09 Å2 / Biso mean: 35.547 Å2 / Biso min: 21.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å2-0 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5602 0 66 275 5943
Biso mean--74.39 41.14 -
残基数----669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.6477947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3381.58912553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2495681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18421.871342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57815998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3391540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021458
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12041 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 206 -
Rwork0.239 3600 -
all-3806 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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