[日本語] English
万見
- PDB-8bb6: Crystal structure of Arabidopsis thaliana sucrose transporter SUC1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bb6
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana sucrose transporter SUC1
要素Sucrose transport protein SUC1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / plant sucrose/proton symporter / Major Facilitator Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose:proton symporter activity / pollen germination / sucrose metabolic process / response to nematode / plasmodesma / vacuole / mitochondrion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sucrose/H+ symporter, plant / MFS/sugar transport protein / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sucrose transport protein SUC1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Bavnhoej, L. / Pedersen, B.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101000936European Union
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023
タイトル: Structure and sucrose binding mechanism of the plant SUC1 sucrose transporter.
著者: Bavnhoj, L. / Driller, J.H. / Zuzic, L. / Stange, A.D. / Schiott, B. / Pedersen, B.P.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sucrose transport protein SUC1
B: Sucrose transport protein SUC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9712
ポリマ－110,9712
非ポリマー00
水61334
1
A: Sucrose transport protein SUC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4861
ポリマ－55,4861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sucrose transport protein SUC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4861
ポリマ－55,4861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.776, 65.622, 82.813
Angle α, β, γ (deg.)89.960, 101.740, 94.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...
21(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA27 - 24228 - 243
12TYRTYRASPASP(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA244 - 247245 - 248
13GLNGLNPROPRO(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA249 - 254250 - 255
14ASNASNALAALA(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA256 - 257257 - 258
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA262 - 276263 - 277
16VALVALPROPRO(chain A and (resid 27 through 242 or resid 244...AA278 - 500279 - 501
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB27 - 24228 - 243
22TYRTYRASPASP(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB244 - 247245 - 248
23GLNGLNPROPRO(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB249 - 254250 - 255
24ASNASNALAALA(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB256 - 257257 - 258
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB262 - 276263 - 277
26VALVALPROPRO(chain B and (resid 27 through 242 or resid 244...BB278 - 500279 - 501

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.915373106874, 0.0103079958826, -0.402474620856), (0.0042826378681, -0.99936632701, -0.0353355833586), (-0.402583822607, -0.0340688957744, 0.914748914247)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.915373106874, 0.0103079958826, -0.402474620856), (0.0042826378681, -0.99936632701, -0.0353355833586), (-0.402583822607, -0.0340688957744, 0.914748914247)
ベクター: -7.99249196073, 61.7545306039, 41.6878972808)

-
要素

#1: タンパク質 Sucrose transport protein SUC1 / Sucrose permease 1 / Sucrose-proton symporter 1


分子量: 55485.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SUC1, At1g71880, F17M19.3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q39232
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.3
詳細: 43.5% PEG 400, 0.25 M Ammonium dihydrogen phosphate, 0.15 M BIS-TRIS propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→57.35 Å / Num. obs: 33404 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 110948
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.68-2.733.40.8538515861.0731.98595.1
7.27-57.363.219.5541216970.0470.08599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia23.3.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS3.3.2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RoseTTAFold predicted model

解像度: 2.68→34.74 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 2003 6.02 %
Rwork0.2696 31272 -
obs0.2711 33275 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.19 Å2 / Biso mean: 48.3563 Å2 / Biso min: 29.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7188 0 0 34 7222
Biso mean---43.85 -
残基数----952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2794X-RAY DIFFRACTION5.859TORSIONAL
12B2794X-RAY DIFFRACTION5.859TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.68-2.750.42971420.34452125226795
2.75-2.820.36771370.3322222235998
2.82-2.90.32471480.312205235398
2.9-30.3271390.30962265240498
3-3.10.33931440.30672243238798
3.11-3.230.30991490.28652209235898
3.23-3.380.32761400.27982235237598
3.38-3.550.36141340.28382244237899
3.55-3.780.30631480.26622260240899
3.78-4.070.25571390.2432261240099
4.07-4.480.2611460.24332219236599
4.48-5.120.29531460.25652255240199
5.12-6.450.25961460.27792282242899
6.45-34.740.2351450.23432247239299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8042-0.08950.09950.66160.10251.3903-0.0982-0.01710.06890.15250.0855-0.19650.04880.2251-0.00010.4140.0447-0.0060.45270.03390.41889.707932.372830.8284
20.13380.03640.10360.18070.51942.1736-0.4469-0.1634-0.1383-0.4167-0.2307-0.8301-0.22181.5203-0.04421.26770.15010.14110.85030.20481.011920.66618.364520.5168
30.5498-0.09810.07231.9171-0.10082.1509-0.0553-0.0889-0.0833-0.01930.11450.1692-0.2232-0.1406-0.00010.37290.01930.01130.3952-0.00730.3908-4.694134.973813.1031
41.3406-0.01630.18480.07750.15960.7327-0.3606-0.20620.1559-0.4260.43680.272-0.3704-0.22680.01890.52110.12110.02310.5121-0.05310.3317-4.414339.5223-11.7816
51.02420.24950.03720.7364-0.30531.17370.01850.1294-0.07280.23110.07130.29260.1184-0.1241-00.43250.02940.01110.4444-0.01710.4633-13.001528.5606-16.6457
60.25710.23370.08290.22010.08810.1763-0.06080.30270.2759-0.558-0.07480.1086-0.8522-0.46460.00031.12620.20210.0250.603-0.00830.7265-17.83554.6139-29.3967
70.788-0.6615-0.79741.2360.45061.6377-0.1165-0.0766-0.0082-0.0820.0667-0.13730.26910.20460.00010.40980.0079-0.06390.41130.0090.4038.382927.7812-26.5181
80.30880.1831-0.59680.0305-0.16930.88110.20310.03410.0298-0.1195-0.2658-0.1536-0.0725-0.1527-00.3653-0.0039-0.02470.45540.00110.39572.491234.6133-35.853
90.7497-0.17970.12420.17360.06970.92820.1658-0.0363-0.20180.0196-0.21890.40560.15470.2944-00.5-0.03170.01010.366-0.02570.37694.479828.43476.7142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 25 through 244 )B25 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 245 through 280 )B245 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 281 through 440 )B281 - 440
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 25 through 52 )A25 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 244 )A53 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 280 )A245 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 281 through 440 )A281 - 440
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 441 through 500 )A441 - 500
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 441 through 500 )B441 - 500

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る