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- PDB-8bb0: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with hydroxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bb0
タイトルThe surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with hydroxycobalamin.
要素Surface layer protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / B12 / transport / soluble protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Hydroxocobalamin / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / THIOCYANATE ION / Surface layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Whittaker, J. / Felices Martinez, J.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Not funded オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with hydroxycobinamide.
著者: Whittaker, J. / Guskov, A.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface layer protein
B: Surface layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,41346
ポリマ－75,8632
非ポリマー5,54944
水9,152508
1
A: Surface layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,65327
ポリマ－37,9321
非ポリマー2,72226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Surface layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,75919
ポリマ－37,9321
非ポリマー2,82818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.110, 101.099, 79.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Surface layer protein / BtuG2 / YncE family protein


分子量: 37931.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0

-
非ポリマー , 8種, 552分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-I2A / Hydroxocobalamin


分子量: 1345.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H88CoN13O15P
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM TRIS pH 7.8, 100 mM NaCl, 20 mM MgCl, 10 mM hydroxycobalamin, 33 % PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→79.16 Å / Num. obs: 123287 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.5→7.4 Å / Num. unique obs: 89902 / CC1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FFV

6ffv
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.5→62.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1745 5900 5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.1446 112532 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 685.05 Å2 / Biso mean: 15.922 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å2-0 Å21.22 Å2
2---2.79 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→62.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5247 0 360 508 6115
Biso mean--27.34 35.13 -
残基数----641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0125765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.7227843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5811.61812015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6015647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.507526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51210872
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2740.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3571.4642582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8931.4482578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1492.5993211
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.698310996
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 452 -
Rwork0.257 8513 -
all-8965 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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