PDB-8baz: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8baz

タイトル

The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobalamin.

要素

Surface layer protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / B12 / transport / soluble protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Whittaker, J. / Martinez-Felices, J.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobinamide.
著者: Whittaker, J. / Guskov, A.

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8baz.cif.gz	705.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8baz.ent.gz	447.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8baz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8baz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8baz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8baz_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	8baz_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ffv PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Surface layer protein

B: Surface layer protein

ヘテロ分子

80.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.177, 100.593, 79.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 321 / Label seq-ID: 3 - 321

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Surface layer protein / BtuG2 / YncE family protein 分子量: 37931.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0

-
非ポリマー , 7種, 283分子

#2: 化合物	ChemComp-CBY / COB(II)INAMIDE 分子量: 990.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₇₂CoN₁₁O₈
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: CN
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM TRIS pH, 100 mM NaCl, 20 mM ZnCl, 20 mM Cyanocobalamin, PEG2000 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→78.89 Å / Num. obs: 51840 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2→8 Å / Num. unique obs: 40883 / CC_1/2: 0.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FFV

6ffv
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→44.199 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.242 / WR_factor R_work: 0.182 / SU B: 11.006 / SU ML: 0.135 / Average fsc free: 0.9646 / Average fsc work: 0.9825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.17 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2432	2531	4.887 %	RANDOM
R_work	0.181	49255	-	-
all	0.184	-	-	-
obs	-	51786	99.896 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.305 Å²	0 Å²	1.984 Å²
2-	-	-3.026 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.747 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5247	0	331	247	5825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5706
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.806	1.709	7733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	1.609	12042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.763	5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.888	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.227	10	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.588	10	278
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.168	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.703	2.755	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.689	2.755	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.46	4.952	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.46	4.953	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.068	3.161	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.068	3.161	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.817	5.622	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.817	5.623	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.824	54.901	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.823	54.899	6306
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.988	3	10931
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.071	0.05	11270

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07117	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07117	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.276	165	0.207	3674	0.21	3841	0.954	0.977	99.9479	0.186
2.052-2.108	0.271	196	0.191	3502	0.195	3701	0.959	0.98	99.9189	0.169
2.108-2.169	0.253	168	0.184	3395	0.188	3565	0.963	0.981	99.9439	0.163
2.169-2.236	0.221	180	0.163	3389	0.166	3569	0.97	0.986	100	0.141
2.236-2.309	0.247	159	0.171	3210	0.175	3370	0.964	0.984	99.9703	0.15
2.309-2.389	0.248	158	0.157	3132	0.161	3295	0.961	0.986	99.8483	0.136
2.389-2.479	0.227	160	0.153	3035	0.157	3197	0.968	0.988	99.9374	0.133
2.479-2.58	0.257	161	0.139	2909	0.144	3070	0.966	0.989	100	0.122
2.58-2.695	0.2	157	0.131	2750	0.135	2908	0.975	0.99	99.9656	0.116
2.695-2.826	0.228	133	0.152	2681	0.155	2815	0.962	0.987	99.9645	0.138
2.826-2.978	0.235	140	0.145	2535	0.149	2676	0.965	0.988	99.9626	0.136
2.978-3.157	0.255	92	0.163	2447	0.167	2542	0.972	0.984	99.882	0.155
3.157-3.374	0.212	112	0.161	2274	0.163	2390	0.972	0.984	99.8326	0.156
3.374-3.643	0.245	116	0.17	2100	0.174	2217	0.962	0.983	99.9549	0.168
3.643-3.988	0.217	106	0.191	1935	0.193	2046	0.973	0.977	99.7556	0.193
3.988-4.454	0.244	89	0.199	1776	0.201	1867	0.964	0.977	99.8929	0.208
4.454-5.134	0.237	97	0.206	1537	0.208	1635	0.969	0.976	99.9388	0.235
5.134-6.267	0.307	59	0.25	1344	0.253	1406	0.955	0.97	99.7866	0.284
6.267-8.775	0.314	52	0.249	1026	0.252	1086	0.947	0.966	99.2634	0.275
8.775-44.199	0.266	31	0.263	604	0.263	640	0.958	0.96	99.2188	0.312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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