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- PDB-8baz: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanoco... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8baz | ||||||
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Title | The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobalamin. | ||||||
![]() | Surface layer protein![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whittaker, J. / Martinez-Felices, J.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobinamide. Authors: Whittaker, J. / Guskov, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 705.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 447.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ffv S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 321 / Label seq-ID: 3 - 321
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 37931.543 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 Gene: BT_1954 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 283 molecules ![](data/chem/img/CBY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Chemical | ChemComp-PEG / ![]() #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ![]() #7: Chemical | ChemComp-PGE / ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 50 mM TRIS pH, 100 mM NaCl, 20 mM ZnCl, 20 mM Cyanocobalamin, PEG2000 20% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→78.89 Å / Num. obs: 51840 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 8 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 2→8 Å / Num. unique obs: 40883 / CC1/2: 0.94 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6FFV ![]() 6ffv Resolution: 2→44.199 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 11.006 / SU ML: 0.135 / Average fsc free: 0.9646 / Average fsc work: 0.9825 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.17 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.056 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.199 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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