PDB-8bax: X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearother...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bax

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearothermophilus - azotochelin complex.

要素

Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic binding protein / Siderophore binding / Bacterial

機能・相同性

FatB domain / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / iron ion transport / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Azotochelin / : / Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Blagova, E.V. / Miller, A. / Dodson, E.J. / Booth, R. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bax.cif.gz	305.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bax.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7xC 8bawC 8bf6C 8bj9C 8bnwC 8bpxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.158, 66.652, 117.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Siderophore ABC transporter substrate-binding protein 分子量: 33385.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: EPB69_07310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857MR34
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-95B / Azotochelin 分子量: 418.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Morph C8: 12.5% PEG1K; 12.5% PEG 3350; 12.5% MPD; 0.03M each NPS (NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4); 0.1M MOPS/HEPES pH7.5. Ligand: 1.67mM Fe azotochelin-sulf/pyr-Ir catalyst, 1:1 protein:ligand ratio.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97628 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.38→58.596 Å / Num. obs: 54541 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.56-58.596	11.7	0.101	423	0.996	0.039	0.108
1.38-1.4	14.2	4.439	2598	0.473	1.752	4.775

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BPX

8bpx

解像度: 1.38→58.596 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 10.099 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2622	2753	5.055 %
R_work	0.2141	51708	-
all	0.217	-	-
obs	-	54461	97.353 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.51 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.427 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.937 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→58.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2214	0	31	95	2340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.654	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	1.572	5076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.54	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.345	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.992	10	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.601	10	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.826	2.884	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.805	2.881	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.834	4.359	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.837	4.36	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.828	3.41	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.831	3.412	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.301	4.878	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.299	4.878	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.386	39.646	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.391	39.59	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	22.582	3	4473

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.38-1.416	0.448	187	0.493	3703	0.491	4076	0.869	0.887	95.4367	0.496
1.416-1.455	0.481	186	0.453	3593	0.454	3951	0.792	0.899	95.6467	0.455
1.455-1.497	0.482	193	0.409	3555	0.412	3900	0.813	0.902	96.1026	0.41
1.497-1.543	0.433	168	0.39	3423	0.392	3757	0.829	0.894	95.5816	0.387
1.543-1.593	0.4	179	0.349	3339	0.351	3623	0.895	0.921	97.1019	0.343
1.593-1.649	0.362	186	0.313	3224	0.316	3521	0.933	0.935	96.8475	0.305
1.649-1.712	0.309	179	0.305	3131	0.305	3450	0.941	0.948	95.942	0.292
1.712-1.781	0.328	144	0.254	3065	0.257	3276	0.926	0.972	97.9548	0.239
1.781-1.861	0.309	159	0.249	2939	0.252	3150	0.956	0.972	98.3492	0.233
1.861-1.951	0.255	129	0.205	2822	0.207	3028	0.974	0.988	97.4571	0.19
1.951-2.057	0.279	139	0.19	2661	0.194	2867	0.954	0.987	97.6631	0.178
2.057-2.181	0.241	142	0.192	2565	0.195	2760	0.965	0.986	98.0797	0.183
2.181-2.332	0.256	157	0.185	2371	0.189	2569	0.96	0.984	98.4041	0.177
2.332-2.518	0.24	131	0.192	2252	0.195	2413	0.958	0.98	98.7567	0.187
2.518-2.758	0.268	101	0.179	2109	0.182	2230	0.963	0.983	99.1031	0.18
2.758-3.083	0.254	108	0.191	1925	0.194	2049	0.959	0.979	99.2191	0.201
3.083-3.558	0.207	84	0.175	1705	0.177	1804	0.976	0.982	99.1685	0.191
3.558-4.353	0.215	77	0.161	1471	0.163	1555	0.972	0.985	99.5498	0.188
4.353-6.14	0.217	64	0.174	1156	0.176	1223	0.976	0.983	99.7547	0.212
6.14-58.596	0.185	40	0.193	699	0.192	740	0.976	0.974	99.8649	0.245

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関連情報:EMDBヘッダ

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