PDB-8baw: X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearother...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8baw

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearothermophilus - 5-LICAM siderophore analogue complex.

要素

Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic / Siderophore binding protein / Bacterial / siderophore analogue complex. / 5-LICAM

機能・相同性

FatB domain / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / iron ion transport / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / N,N'-pentane-1,5-diylbis(2,3-dihydroxybenzamide) / : / Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.471 Å

データ登録者

Blagova, E.V. / Miller, A. / Booth, R. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8baw.cif.gz	588 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8baw.ent.gz	373.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8baw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8baw_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8baw_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8baw_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	8baw_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7xC 8baxC 8bf6C 8bj9C 8bnwC 8pbxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

B: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.395, 34.432, 119.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.889, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Siderophore ABC transporter substrate-binding protein 分子量: 33385.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: EPB69_07310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857MR34
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5LC / N,N'-pentane-1,5-diylbis(2,3-dihydroxybenzamide) / N,N′-(ペンタン-1,5-ジイル)ビス(2,3-ジヒドロキシベンズアミド) 分子量: 374.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Morpheus A12: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.03M of each divalent cation (MgCl2, CaCl2), 0.1M Bicine/Trizma base pH 8.5 5mM Fe(III) 5-LICAM 1:10 ratio protein:ligand. No cryo.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.93622 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.93622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→67.4 Å / Num. obs: 93663 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.05-67.31	5.2	0.02	545	0.999	0.013	0.023
1.47-1.5	6.3	2.86	4620	0.432	1.86	3.423

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8PBX

8pbx

解像度: 1.471→67.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.177 / SU B: 6.303 / SU ML: 0.095 / Average fsc free: 0.9353 / Average fsc work: 0.9501 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	4698	5.017 %
R_work	0.1797	88945	-
all	0.182	-	-
obs	-	93643	99.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.02 Å²	-0 Å²	-1.192 Å²
2-	-	-1.941 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.471→67.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4357	0	56	202	4615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.654	6098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.464	1.572	10021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.326	5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.784	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.302	10	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.281	10	191
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.861	4.161	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.852	4.161	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.012	6.221	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.012	6.224	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.127	4.604	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.125	4.603	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.136	6.69	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.135	6.69	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.141	50.999	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.142	50.795	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.281	3	8807

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.471-1.509	0.362	331	0.36	6559	0.36	6924	0.857	0.883	99.509	0.367
1.509-1.55	0.333	323	0.345	6336	0.344	6673	0.9	0.882	99.7902	0.347
1.55-1.595	0.31	326	0.312	6169	0.312	6497	0.902	0.905	99.9692	0.312
1.595-1.644	0.314	289	0.297	6108	0.298	6398	0.899	0.912	99.9844	0.291
1.644-1.698	0.3	329	0.262	5773	0.264	6102	0.928	0.939	100	0.252
1.698-1.758	0.31	314	0.25	5632	0.253	5950	0.92	0.947	99.9328	0.232
1.758-1.824	0.288	257	0.22	5502	0.223	5759	0.935	0.963	100	0.199
1.824-1.898	0.255	279	0.185	5233	0.189	5528	0.954	0.973	99.7106	0.162
1.898-1.983	0.258	280	0.178	5018	0.182	5299	0.953	0.976	99.9811	0.155
1.983-2.079	0.243	229	0.167	4830	0.17	5060	0.961	0.978	99.9802	0.148
2.079-2.192	0.249	264	0.172	4602	0.177	4866	0.957	0.98	100	0.155
2.192-2.324	0.22	221	0.165	4397	0.168	4618	0.965	0.982	100	0.151
2.324-2.485	0.249	238	0.166	4063	0.17	4303	0.958	0.982	99.9535	0.154
2.485-2.683	0.251	188	0.165	3852	0.169	4040	0.963	0.983	100	0.156
2.683-2.939	0.261	177	0.184	3537	0.188	3714	0.96	0.979	100	0.181
2.939-3.285	0.261	155	0.2	3214	0.203	3369	0.953	0.974	100	0.202
3.285-3.792	0.227	168	0.173	2838	0.176	3006	0.969	0.984	100	0.182
3.792-4.64	0.196	136	0.14	2399	0.143	2538	0.975	0.988	99.8818	0.157
4.64-6.547	0.175	114	0.139	1899	0.141	2016	0.983	0.99	99.8512	0.158
6.547-67.4	0.172	80	0.166	985	0.166	1179	0.984	0.983	90.3308	0.19

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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