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- PDB-8bap: Eugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, eightfold mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bap
タイトルEugenol Oxidase (EUGO) from Rhodococcus jostii RHA1, eightfold mutant active on propanol syringol
要素Probable vanillyl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Biocatalysis / lignin / FAD / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase activity / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-55B / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Probable vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Alvigini, L. / Mattevi, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)Grant Agreement No. 837890 (SMARTBOX).European Union
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: One-Pot Biocatalytic Synthesis of rac -Syringaresinol from a Lignin-Derived Phenol.
著者: Guo, Y. / Alvigini, L. / Saifuddin, M. / Ashley, B. / Trajkovic, M. / Alonso-Cotchico, L. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_validate_close_contact ...citation / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
I: Probable vanillyl-alcohol oxidase
J: Probable vanillyl-alcohol oxidase
K: Probable vanillyl-alcohol oxidase
L: Probable vanillyl-alcohol oxidase
M: Probable vanillyl-alcohol oxidase
N: Probable vanillyl-alcohol oxidase
O: Probable vanillyl-alcohol oxidase
P: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)958,80760
ポリマ－942,39316
非ポリマー16,41344
水23,1851287
1
A: Probable vanillyl-alcohol oxidase
D: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9119
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,1127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area34300 Å2
手法PISA
2
B: Probable vanillyl-alcohol oxidase
J: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8718
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area34240 Å2
手法PISA
3
C: Probable vanillyl-alcohol oxidase
H: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8317
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
4
F: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

E: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8718
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area34370 Å2
手法PISA
5
G: Probable vanillyl-alcohol oxidase
P: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7916
ポリマ－117,7992
非ポリマー1,9924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
6
I: Probable vanillyl-alcohol oxidase
O: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8317
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area34180 Å2
手法PISA
7
K: Probable vanillyl-alcohol oxidase
N: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8317
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area34400 Å2
手法PISA
8
L: Probable vanillyl-alcohol oxidase
M: Probable vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8718
ポリマ－117,7992
非ポリマー2,0726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area34490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.556, 142.995, 154.600
Angle α, β, γ (deg.)114.870, 97.000, 93.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Probable vanillyl-alcohol oxidase


分子量: 58899.574 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro03282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q0SBK1, vanillyl-alcohol oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-55B / 4-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-2,6-dimethoxyphenol / Sinapyl alcohol / sinapoyl alcohol / シナピルアルコ-ル


分子量: 210.226 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: Morpheus screening, condition A6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 379398 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 18712 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3546精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FXD

5fxd


解像度: 2.3→49.044 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 18986 5 %
Rwork0.1928 360370 -
obs0.1956 379356 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.67 Å2 / Biso mean: 34.5075 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数66160 0 1100 1287 68547
Biso mean--29.79 32.95 -
残基数----8400
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.32610.35376590.27741187798
2.3261-2.35350.34015840.26971199398
2.3535-2.38220.30735840.25891199698
2.3822-2.41240.33446580.25421199698
2.4124-2.44410.31046460.25241187498
2.4441-2.47760.30656080.24591202098
2.4776-2.5130.33846620.26041198098
2.513-2.55050.31866270.24061195498
2.5505-2.59030.30666620.23451195298
2.5903-2.63280.31156100.24011203598
2.6328-2.67820.30736210.23991203398
2.6782-2.72690.30926430.2341199098
2.7269-2.77930.30776570.23611205298
2.7793-2.83610.30176270.22261199298
2.8361-2.89770.29346740.21621203398
2.8977-2.96510.27596360.21421201298
2.9651-3.03930.27366380.20721207598
3.0393-3.12140.28376390.21741204199
3.1214-3.21330.28886510.21131203099
3.2133-3.31690.27726010.20151212899
3.3169-3.43550.25276140.19131211799
3.4355-3.5730.2436260.18621202399
3.573-3.73550.23256490.1751202698
3.7355-3.93240.2256150.16951208998
3.9324-4.17870.19935920.15221208098
4.1787-4.50110.19616450.14981199298
4.5011-4.95370.18546290.14191201998
4.9537-5.66960.20886210.15891207499
5.6696-7.13950.18886810.15731202199
7.1395-49.0440.15886270.14671186697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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