[日本語] English
万見
- PDB-8bao: Dysgonamonadaceae bacterium CRISPR ancillary nuclease 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bao
タイトルDysgonamonadaceae bacterium CRISPR ancillary nuclease 2
要素
  • Cyclic tetra-adenylate (cA4)
  • DUF1887 family protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nuclease / homodimer / can2 / CRISPR ancillary nuclease / cyclic tetra-adenylate
機能・相同性tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / BROMIDE ION / RNA / DUF1887 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Dysgonamonadaceae bacterium (バクテリア)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S008691/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M008800/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P007031/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Reverse transcriptases prime DNA synthesis.
著者: Zabrady, M. / Zabrady, K. / Li, A.W.H. / Doherty, A.J.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DUF1887 family protein
B: DUF1887 family protein
C: Cyclic tetra-adenylate (cA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0017
ポリマ－90,6573
非ポリマー3444
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.133, 109.429, 63.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-657-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DUF1887 family protein


分子量: 44692.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dysgonamonadaceae bacterium (バクテリア)
遺伝子: C0T31_04800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N4S908
#2: RNA鎖 Cyclic tetra-adenylate (cA4)


分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Imidazole; MES monohydrate (acid) 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 208.3uM cA4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.058→54.715 Å / Num. obs: 63804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 36.08 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.26 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.058→2.093 Å / Rmerge(I) obs: 2.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3196 / CC1/2: 0.342 / Rpim(I) all: 0.963 / Rrim(I) all: 2.593 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.06→54.71 Å / SU ML: 0.3194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 3126 4.91 %
Rwork0.2198 60482 -
obs0.2216 63608 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→54.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 88 14 327 6429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95388427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0167848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.090.33681390.30692642X-RAY DIFFRACTION96.76
2.09-2.120.35341370.30332712X-RAY DIFFRACTION98.45
2.12-2.160.34911410.29382744X-RAY DIFFRACTION99.48
2.16-2.20.32211230.27522726X-RAY DIFFRACTION99.69
2.2-2.240.3471240.28082766X-RAY DIFFRACTION99.79
2.24-2.290.34811390.26872754X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.340.32011490.26052760X-RAY DIFFRACTION99.86
2.34-2.390.28451380.25592731X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.450.27921570.2482736X-RAY DIFFRACTION99.97
2.45-2.520.32711530.24432739X-RAY DIFFRACTION99.76
2.52-2.590.30691310.23682762X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.33641300.24122763X-RAY DIFFRACTION99.97
2.68-2.770.27131410.22832748X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.880.28431530.21842782X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-3.010.22941490.21542732X-RAY DIFFRACTION99.93
3.01-3.170.27721410.21632761X-RAY DIFFRACTION99.79
3.17-3.370.23541520.20722727X-RAY DIFFRACTION99.86
3.37-3.630.26271400.19722764X-RAY DIFFRACTION99.83
3.63-40.19871460.19892751X-RAY DIFFRACTION99.97
4-4.580.21221400.18512780X-RAY DIFFRACTION99.97
4.58-5.760.23091400.20392807X-RAY DIFFRACTION99.97
5.77-54.710.21731630.2142795X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.804521707804-0.388164672177-0.3546510656440.9457268964880.2005306864070.1576756307220.05765171380460.01308339919890.09256847598150.0309787316731-0.0165308994083-0.0391876070109-0.01758042293080.002834828864811.37796038712E-50.314594970422-0.0134566381878-0.008521391252660.276078577273-0.005373647975440.264078102216-53.483359690712.265634874218.6109050069
20.000359858746542-0.005761064740950.002738020584590.0288004462096-0.01745288829430.00991034389515-0.0935682688174-0.159108695982-0.2737335228170.2966189552260.104807610346-0.1351471361730.0144561773859-0.1526098512010.0003312737203050.3152556686690.01614769298280.03983395785840.3457809704870.003614501866130.289017402584-34.6771852045-13.640747928810.1720954588
30.2054919298110.2292464482140.1708874444820.466391882968-0.07843268052340.5791505071340.0151378206299-0.0437842678396-0.112963388930.0582104829274-0.0228802240959-0.001167036986150.07076741121170.009645801726549.88655253998E-60.3201920018310.02092141047470.008630638529880.3068402748710.0127454875950.317616295969-36.526097286-28.361609505116.9116095852
40.947461798892-0.5887579958790.4228473958690.516362298179-0.3849165447830.3436856254980.01732188940660.0786386977129-0.0326120682535-0.0896345890512-0.002897822912430.07241761935160.08106726300150.0206438548632-2.13478261105E-50.3309020620840.00044076237998-0.03167158319710.325358732634-0.004099564080310.291695913268-56.5573142686-7.40950303229-9.10324281996
50.6635552084050.348057324019-0.3955239223261.040415301790.1119449582360.632621990033-0.0370562333920.004771122777310.07359192668860.002491833128560.0138622881293-0.27379607488-0.07017505575480.1719594683613.98880967238E-50.254488898571-0.00370707432691-0.005124629767190.372559136630.02621725930130.386158797256-20.6755257391-9.020949644610.2051801232
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 140 through 367 )BC140 - 367140 - 367
22chain 'C' and (resid 1 through 4 )CE1 - 4
33chain 'A' and (resid 0 through 110 )AA0 - 1101 - 111
44chain 'A' and (resid 111 through 367 )AA111 - 367112 - 368
55chain 'B' and (resid 1 through 139 )BC1 - 1391 - 139

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る