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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bai | ||||||
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タイトル | The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobalamin. | ||||||
要素 | Surface layer protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / B12 / transport / soluble protein | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / CYANOCOBALAMIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Surface layer protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Whittaker, J. / Martinez Felices, J.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The surface-exposed lipo-protein of BtuG2 in complex with cyanocobalamin. 著者: Whittaker, J. / Guskov, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bai.cif.gz | 297 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bai.ent.gz | 238.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bai_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bai_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bai_validation.xml.gz | 58.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bai_validation.cif.gz | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bai | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1nqgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 37183.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0 |
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-非ポリマー , 6種, 811分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CNC / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: TRIS pH 8.0, PEG4000, NaCl, MgCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→101.1 Å / Num. obs: 169723 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→8.6 Å / Num. unique obs: 169700 / CC1/2: 0.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NQG 解像度: 1.69→42.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.777 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.69→42.63 Å
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拘束条件 |
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