PDB-8bad: Tpp80Aa1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bad

タイトル

Tpp80Aa1

要素

Binary toxin A-like protein

キーワード

TOXIN / Bacillus thuriengiensis / mosquito / mosquitocidal / pesticidal protein

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Best, H.L. / Williamson, L.J. / Rizkallah, P.J. / Berry, C. / Lloyd-Evans, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2022
タイトル: The Crystal Structure of Bacillus thuringiensis Tpp80Aa1 and Its Interaction with Galactose-Containing Glycolipids.
著者: Best, H.L. / Williamson, L.J. / Lipka-Lloyd, M. / Waller-Evans, H. / Lloyd-Evans, E. / Rizkallah, P.J. / Berry, C.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bad.cif.gz	302.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bad.ent.gz	245.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bad_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bad_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8bad_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	8bad_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gp0S 5foyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Binary toxin A-like protein

B: Binary toxin A-like protein

ヘテロ分子

86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Binary toxin A-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Binary toxin A-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.827, 63.853, 107.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.400, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-614- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 353 / Label seq-ID: 5 - 353

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Binary toxin A-like protein 分子量: 42462.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V1G8Q1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02M sodium/potassium phosphate 0.1M Bis-tris propane 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97628 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→57.73 Å / Num. obs: 71433 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.81-1.84	6.7	0.6	23361	3495	1.02	2.654
4.91-57.76	7	56.4	25947	3689	0.015	0.04

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	53.9 Å
Translation	2 Å	53.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3gp0, 5foy

3gp0

5foy

解像度: 1.81→57.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 9.182 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2097	3513	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1805	67839	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.05 Å² / B_iso mean: 36.908 Å² / B_iso min: 19.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-0.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.81→57.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5643	0	91	349	6083
B_iso mean	-	-	74.24	41.2	-
残基数	-	-	-	-	701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.656	8036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.252	1.578	12278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.818	5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.33	24.277	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.208	15	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.85	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1387

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11757 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.855 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	263	-
R_work	0.357	4908	-
obs	-	-	98.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4181	-0.4618	-1.0876	3.2454	-0.4345	1.7325	-0.0845	-0.2248	-0.2713	-0.0614	0.0143	0.4336	0.228	-0.1018	0.0703	0.0728	-0.0357	0.0298	0.064	0.0143	0.1502	5.7396	-40.3776	20.0387
2	0.7588	1.1342	-0.3223	3.0593	-0.525	0.701	0.0247	0.016	0.0941	-0.3207	-0.0022	0.191	-0.1274	-0.0337	-0.0225	0.1496	0.0108	-0.0013	0.0025	-0.0014	0.0209	20.2952	-6.9949	6.0336
3	2.779	-0.1046	0.5484	1.3287	-0.1723	2.8485	0.1031	0.1607	-0.1273	-0.1617	-0.0179	-0.088	0.2657	0.2421	-0.0852	0.043	0.0224	0.0021	0.0336	-0.0127	0.0172	37.1863	-14.8919	28.2488
4	4.1673	1.2512	-0.1368	1.1828	0.2791	0.5782	0.1828	-0.3081	0.1193	0.1211	-0.2452	0.3562	-0.0111	-0.2286	0.0624	0.0579	-0.0665	0.054	0.1891	-0.0681	0.1468	-0.1202	-19.0861	39.0565
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.4596	-0.144	0.0018	0.2898	-0.002	0.606	-2.229	-44.823	16.111
6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0274	0.0276	0.0254	0.603	-0.0415	0.4159	42.709	-7.515	31.736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 373
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	156 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2

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