+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bad | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tpp80Aa1 | ||||||
![]() | Binary toxin A-like protein | ||||||
![]() | TOXIN / Bacillus thuriengiensis / mosquito / mosquitocidal / pesticidal protein | ||||||
Function / homology | Insecticidal crystal toxin / Insecticidal Crystal Toxin, P42 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / toxin activity / CITRIC ACID / Binary toxin A-like protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Best, H.L. / Williamson, L.J. / Rizkallah, P.J. / Berry, C. / Lloyd-Evans, E. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of Bacillus thuringiensis Tpp80Aa1 and Its Interaction with Galactose-Containing Glycolipids. Authors: Best, H.L. / Williamson, L.J. / Lipka-Lloyd, M. / Waller-Evans, H. / Lloyd-Evans, E. / Rizkallah, P.J. / Berry, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 302.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 245.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gp0S ![]() 5foyS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 353 / Label seq-ID: 5 - 353
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 42462.980 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-B3P / #4: Chemical | ChemComp-CIT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.16 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.02M sodium/potassium phosphate 0.1M Bis-tris propane 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2022 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97628 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.81→57.73 Å / Num. obs: 71433 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3gp0, 5foy Resolution: 1.81→57.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 9.182 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1237 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.05 Å2 / Biso mean: 36.908 Å2 / Biso min: 19.25 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.81→57.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 11757 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.81→1.855 Å / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|