PDB-8bac: Crystal structure of human heparanase in complex with competitive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bac

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with competitive inhibitor GD05

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

HYDROLASE / inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / HS-GAG degradation / positive regulation of hair follicle development / syndecan binding / proteoglycan metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Synthesis of Uronic Acid 1-Azasugars as Putative Inhibitors of alpha-Iduronidase, beta-Glucuronidase and Heparanase.
著者: Doherty, G.G. / Ler, G.J.M. / Wimmer, N. / Bernhardt, P.V. / Ashmus, R.A. / Vocadlo, D.J. / Armstrong, Z. / Davies, G.J. / Maccarana, M. / Li, J.P. / Kayal, Y. / Ferro, V.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bac.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bac.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bac_validation.pdf.gz	845.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bac_full_validation.pdf.gz	851.6 KB	表示
XML形式データ	8bac_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	8bac_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7prtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Heparanase 50 kDa subunit

BBB: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.838, 71.188, 78.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.375, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Heparanase 50 kDa subunit 分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heparanase 50 kDa subunit / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質	Heparanase 8 kDa subunit 分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SJ5 / (3S,4R,5R)-4,5-dihydroxypiperidine-3-carboxylic acid 分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→37.677 Å / Num. obs: 30692 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / Num. unique obs: 2345 / CC_1/2: 0.672

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PRT

7prt

解像度: 2.05→37.677 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.221 / SU B: 8.489 / SU ML: 0.214 / Average fsc free: 0.7967 / Average fsc work: 0.8169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2674	1488	4.851 %
R_work	0.2235	29186	-
all	0.226	-	-
obs	-	30674	99.549 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.055 Å²	-0 Å²	4.443 Å²
2-	-	-5.089 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.655 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3627	0	43	94	3764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.652	5098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.261	1.586	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.408	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.534	22.09	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.241	15	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.252	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.406	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.092	4.741	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.09	4.74	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.42	7.099	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.419	7.101	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.21	5.104	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.211	5.097	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.931	7.512	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.932	7.51	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.662	55.634	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.658	55.649	4149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.421	115	0.342	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.103-2.161	0.321	87	0.305	2118	X-RAY DIFFRACTION	99.2796
2.161-2.223	0.272	83	0.284	2050	X-RAY DIFFRACTION	99.4869
2.223-2.292	0.289	114	0.275	1950	X-RAY DIFFRACTION	99.5178
2.292-2.367	0.331	85	0.278	1933	X-RAY DIFFRACTION	99.556
2.367-2.45	0.306	100	0.254	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.4368
2.45-2.542	0.291	105	0.243	1799	X-RAY DIFFRACTION	99.6859
2.542-2.646	0.358	80	0.246	1727	X-RAY DIFFRACTION	99.2857
2.646-2.764	0.344	77	0.241	1644	X-RAY DIFFRACTION	99.7103
2.764-2.898	0.29	91	0.23	1581	X-RAY DIFFRACTION	99.8209
2.898-3.055	0.273	69	0.22	1519	X-RAY DIFFRACTION	99.7487
3.055-3.24	0.295	77	0.22	1445	X-RAY DIFFRACTION	99.7379
3.24-3.463	0.254	68	0.231	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.9298
3.463-3.74	0.274	76	0.227	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
3.74-4.096	0.201	59	0.192	1157	X-RAY DIFFRACTION	100
4.096-4.578	0.227	59	0.175	1028	X-RAY DIFFRACTION	99.6334
4.578-5.283	0.234	53	0.182	936	X-RAY DIFFRACTION	99.7982
5.283-6.463	0.318	45	0.218	784	X-RAY DIFFRACTION	99.6394
6.463-9.108	0.192	28	0.178	615	X-RAY DIFFRACTION	99.2284
9.108-37.677	0.131	17	0.176	343	X-RAY DIFFRACTION	96.7742

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関連情報:EMDBヘッダ

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