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- PDB-8ba5: Crystal structure of the DNMT3A ADD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ba5
タイトルCrystal structure of the DNMT3A ADD domain
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase ...positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / cellular response to ethanol / response to vitamin A / response to ionizing radiation / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / hepatocyte apoptotic process / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to amino acid stimulus / response to cocaine / response to lead ion / euchromatin / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / response to toxic substance / neuron differentiation / transcription corepressor activity / response to estradiol / spermatogenesis / methylation / cellular response to hypoxia / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Linhard, V. / Kunert, S. / Wollenhaupt, J. / Broehm, A. / Schwalbe, H. / Jeltsch, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)JE 252/10 ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The MECP2-TRD domain interacts with the DNMT3A-ADD domain at the H3-tail binding site.
著者: Kunert, S. / Linhard, V. / Weirich, S. / Choudalakis, M. / Osswald, F. / Kramer, L. / Kohler, A.R. / Brohm, A. / Wollenhaupt, J. / Schwalbe, H. / Jeltsch, A.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6567
ポリマ－16,3121
非ポリマー3456
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.800, 57.800, 138.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

MG

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / Cysteine methyltransferase DNMT3A / DNA methyltransferase HsaIIIA / DNA MTase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 16311.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 17 % PEG 8000, 0.2 M Magnesiumsulfat, 0.1 M TRIS-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→47.08 Å / Num. obs: 45978 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 20.11 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.62
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 20.86 % / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 7353 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A1A

3a1a


解像度: 1.45→22 Å / SU ML: 0.1969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6176
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 1590 3.46 %
Rwork0.1867 44319 -
obs0.1876 45909 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1050 0 12 118 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80551503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0786153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1614418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.50.34821440.31284009X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.30171440.26894032X-RAY DIFFRACTION99.95
1.55-1.610.26861460.24124071X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.690.25491380.20963992X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.770.25131440.20374037X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.890.24821390.19764021X-RAY DIFFRACTION99.98
1.89-2.030.19271450.18174040X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.240.18631480.18684028X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.560.20581480.18834018X-RAY DIFFRACTION100
2.56-3.220.25061500.18024047X-RAY DIFFRACTION100
3.22-220.17731440.16644024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.642493433311.88635170015-0.4979097162386.37407562451-2.370143725080.896611749807-0.4904595839220.9780832572850.435923779727-0.4659025341480.00637205798965-0.561426572494-0.4502423400040.9649330588780.3602554031090.304025230861-0.113251707611-0.04096131492240.3129137334830.06434416580360.2661877637277.00105410725-12.032066706-6.62249770814
24.300079332782.22915039965-0.8883528566696.93518789364-0.9154555256293.21799248602-0.505812324808-0.1810261895650.5862701244920.150477090035-0.127910854758-0.644381345064-0.6567067604460.306379730451-0.1186927899180.433282881113-0.0921589256105-0.2087115097260.2270333973940.01696854670190.3351278715218.41388351044-6.916246934040.853330429158
32.45720155722-0.4236881509690.7727035297121.1486493622-0.1085932506062.25180363093-0.390514459363-0.1818133020970.4047651792450.0245326366819-0.09587455140870.0103123807257-0.911697310227-0.1957731314880.2505460855060.3269468882620.0244328515792-0.08066129200070.199314878056-0.05034670684090.23653078268-3.60981781429-9.16262702229-0.642068438497
43.345177240413.818734324172.040175366755.105528842251.24452996153.36533899357-0.303062476151-0.24591121090.2296973649120.00347946487202-0.009617299917140.213621729855-0.279065646218-0.5345820981530.3188688040840.3604397383540.0899723466688-0.0416743308720.253956278116-0.01422664357590.256824092339-12.229636322-10.4814594088-4.26425528172
55.309758652070.636122797015-1.378758438928.112000778322.554464746465.258301572420.04194808510750.018014135777-0.0580834274596-0.124071410884-0.09762088421590.0562095117336-0.0745663696125-0.09347161195890.05851676576810.14559735756-0.003580109808350.01594727113710.233774345663-0.01573352094630.199045781215-16.664638845-27.0575348686-3.11973395565
64.268290507970.6477369925780.4919645616972.517167657790.301605323122.430627978020.103344885179-0.3614134400270.02797690474210.148522070076-0.1151479383770.08099735078720.0446174578728-0.09203733079790.001103202760920.1147340327750.00736954648209-0.01634486307310.170901925812-0.01085821143340.147003063939-6.60891761102-25.0868067872-2.8816681133
73.368644607083.75252321133-1.945786447084.64738239589-2.26067182547.03282583093-0.2647607064560.291135361074-0.914518393628-0.663976303860.0195064034176-0.1880243846340.2952652650990.1914073163080.1367317546530.119461394740.0546905680143-0.01625915696320.227990428775-0.04355536999360.2946012631335.75749112451-27.9716879328-2.60349921085
88.562717162471.24500618682-1.923968121618.735453504332.028810530712.12321016684-0.117152086413-0.319471388019-1.096265215980.31847295801-0.12755318627-0.4361946616730.583416440657-0.2650627022190.2132156346310.324452251053-0.0612449259442-0.01364997353610.3300686048440.02666353189580.328706903967-3.47126736379-29.98815357085.06702333204
93.729536642241.0199699535-3.18890880074.903573729611.028260324845.562343257890.0132787510811-0.8389654166730.1035284152270.502629366216-0.216889261967-0.04147975958810.0700645089246-0.4332034158930.1814997352930.177982289264-0.00487891171034-0.06030492590540.392102261841-0.0459091541350.1652330107630.161357159653-19.07397474199.77434297529
109.28790851175-5.583483997855.295982698853.40239926732-3.319993680633.40612837427-0.401077131909-0.6327265084920.626500152115-0.1349583248860.4897973755860.197936286605-0.815779600412-0.285353762942-0.1011524839910.4469580119670.1074703867020.002695304426340.515211896729-0.04113020157980.315471816306-13.3484527416-12.83658292858.65932587465
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 474 through 484 )474 - 4841 - 11
22chain 'A' and (resid 485 through 492 )485 - 49212 - 19
33chain 'A' and (resid 493 through 511 )493 - 51120 - 38
44chain 'A' and (resid 512 through 524 )512 - 52439 - 51
55chain 'A' and (resid 525 through 534 )525 - 53452 - 61
66chain 'A' and (resid 535 through 566 )535 - 56662 - 93
77chain 'A' and (resid 567 through 575 )567 - 57594 - 102
88chain 'A' and (resid 576 through 587 )576 - 587103 - 112
99chain 'A' and (resid 588 through 600 )588 - 600113 - 125
1010chain 'A' and (resid 601 through 609 )601 - 609126 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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