PDB-8b9w: Cysteine Synthase from Trypanosoma theileri with PLP bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b9w

タイトル

Cysteine Synthase from Trypanosoma theileri with PLP bound

要素

Putative cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Amino acid synthesis / Pyridoxal 5-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma theileri (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Sowerby, K.V. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Cysteine synthase: multiple structures of a key enzyme in cysteine synthesis and a potential drug target for Chagas disease and leishmaniasis.
著者: Sowerby, K. / Freitag-Pohl, S. / Murillo, A.M. / Silber, A.M. / Pohl, E.

履歴

登録	2022年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b9w.cif.gz	259.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b9w.ent.gz	204 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b9w_validation.pdf.gz	993.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b9w_full_validation.pdf.gz	1010.7 KB	表示
XML形式データ	8b9w_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	8b9w_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b9mC 8b9yC 4airS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative cysteine synthase

B: Putative cysteine synthase

ヘテロ分子

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.303, 187.303, 187.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 24 - 349 / Label seq-ID: 24 - 349

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative cysteine synthase 分子量: 37779.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma theileri (トリパノソーマ) 遺伝子: TM35_000064350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X0P4R1
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→76.47 Å / Num. obs: 28493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 1434 / CC_1/2: 0.962

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AIR

4air

解像度: 2.75→76.466 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 9.881 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2085	1448	5.085 %
R_work	0.1478	27027	-
all	0.151	-	-
obs	-	28475	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→76.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4827	0	61	141	5029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.246	1.635	6787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	1.547	10888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.462	5	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.798	10	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.454	10	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.811	10	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.288	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.789	6.947	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.789	6.948	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.824	10.376	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.823	10.377	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.68	7.356	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.678	7.357	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.844	10.763	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.842	10.764	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.209	83.984	5283
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.188	83.978	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.133	0.05	9267

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13344	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13344	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.75-2.822	0.311	118	0.294	1925	0.295	2043	0.952	0.959	0.282
2.822-2.899	0.301	117	0.228	1941	0.232	2058	0.947	0.972	0.205
2.899-2.983	0.25	94	0.198	1889	0.2	1983	0.952	0.975	0.172
2.983-3.074	0.273	98	0.176	1819	0.181	1917	0.944	0.98	0.149
3.074-3.175	0.243	91	0.172	1772	0.175	1863	0.952	0.981	0.143
3.175-3.286	0.247	85	0.159	1710	0.164	1795	0.96	0.984	0.131
3.286-3.41	0.192	104	0.16	1644	0.162	1748	0.974	0.984	0.137
3.41-3.549	0.218	102	0.167	1591	0.171	1693	0.966	0.984	0.143
3.549-3.707	0.247	81	0.153	1523	0.158	1604	0.969	0.987	0.129
3.707-3.887	0.209	56	0.149	1496	0.151	1552	0.964	0.986	0.124
3.887-4.097	0.2	79	0.142	1362	0.145	1441	0.977	0.988	0.12
4.097-4.344	0.185	57	0.116	1347	0.119	1404	0.976	0.992	0.098
4.344-4.643	0.203	61	0.11	1260	0.113	1321	0.975	0.993	0.092
4.643-5.014	0.136	57	0.098	1158	0.1	1215	0.987	0.994	0.082
5.014-5.49	0.151	60	0.106	1077	0.109	1137	0.985	0.993	0.09
5.49-6.134	0.193	46	0.13	975	0.132	1021	0.978	0.99	0.107
6.134-7.075	0.206	47	0.141	872	0.144	919	0.979	0.988	0.116
7.075-8.647	0.169	49	0.139	730	0.141	779	0.983	0.988	0.123
8.647-12.151	0.213	33	0.131	579	0.135	612	0.973	0.989	0.123
12.151-76.466	0.225	13	0.266	357	0.264	370	0.977	0.954	0.247

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