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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b9n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NEI domain of mouse NEIL3 trapped in covalent complex with ssDNA with abasic site | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / NEIL3 / NEI / ssDNA / abasic site | ||||||
機能・相同性 | ![]() Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase ...Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klima, M. / Boura, E. / Silhan, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NEI domain of mouse NEIL3 trapped in covalent complex with ssDNA with abasic site 著者: Klima, M. / Boura, E. / Silhan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3w0fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32089.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8K203, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: DNA鎖 | 分子量: 3505.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES.Na pH 7.0, 5 mM MgCl2, 25% PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.22 Å / Num. obs: 43404 / % possible obs: 95.59 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2192 / Rpim(I) all: 0.04674 / Rrim(I) all: 0.2244 / Net I/σ(I): 12.15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 2.119 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4124 / CC1/2: 0.708 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.5463 / Rrim(I) all: 2.192 / % possible all: 96.28 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3W0F 解像度: 2→38.22 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6616 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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