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- PDB-8b9n: Crystal structure of NEI domain of mouse NEIL3 trapped in covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b9n
タイトルCrystal structure of NEI domain of mouse NEIL3 trapped in covalent complex with ssDNA with abasic site
要素
  • Endonuclease 8-like 3
  • ssDNA with abasic site
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NEIL3 / NEI / ssDNA / abasic site
機能・相同性
機能・相同性情報


Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase ...Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain ...Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease 8-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Klima, M. / Boura, E. / Silhan, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NEI domain of mouse NEIL3 trapped in covalent complex with ssDNA with abasic site
著者: Klima, M. / Boura, E. / Silhan, J.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8-like 3
B: ssDNA with abasic site
C: Endonuclease 8-like 3
D: ssDNA with abasic site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3206
ポリマ－71,1894
非ポリマー1312
水3,855214
1
A: Endonuclease 8-like 3
B: ssDNA with abasic site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6603
ポリマ－35,5942
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Endonuclease 8-like 3
D: ssDNA with abasic site
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6603
ポリマ－35,5942
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.056, 75.056, 220.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-569-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease 8-like 3 / DNA glycosylase FPG2 / DNA glycosylase/AP lyase Neil3 / Endonuclease VIII-like 3 / Nei-like protein 3


分子量: 32089.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neil3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8K203, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 ssDNA with abasic site


分子量: 3505.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES.Na pH 7.0, 5 mM MgCl2, 25% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.22 Å / Num. obs: 43404 / % possible obs: 95.59 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2192 / Rpim(I) all: 0.04674 / Rrim(I) all: 0.2244 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 2.119 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4124 / CC1/2: 0.708 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.5463 / Rrim(I) all: 2.192 / % possible all: 96.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20_4459精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W0F

3w0f


解像度: 2→38.22 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6616
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 2082 4.99 %random selection
Rwork0.2391 39632 --
obs0.2411 41714 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 105 88 214 4065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00543975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68375373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8571506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.33951350.33022572X-RAY DIFFRACTION94.92
2.05-2.10.30521420.28142691X-RAY DIFFRACTION99.02
2.1-2.150.31881420.26512699X-RAY DIFFRACTION99.86
2.15-2.220.31251430.26522712X-RAY DIFFRACTION99.86
2.22-2.290.4765630.34981241X-RAY DIFFRACTION45.87
2.29-2.370.33611430.25112714X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.470.29851440.2362724X-RAY DIFFRACTION99.9
2.47-2.580.26541440.22142740X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.710.30891430.23162732X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-2.880.27861450.23662755X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-3.110.27011460.24782770X-RAY DIFFRACTION99.97
3.11-3.420.29191450.23742780X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.910.26061390.24182639X-RAY DIFFRACTION94.72
3.91-4.930.22091490.2032831X-RAY DIFFRACTION99.23
4.93-38.220.28281590.24083032X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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