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- PDB-8b9i: Cryo-EM structure of MLE in complex with ADP:AlF4 and UUC RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b9i
タイトルCryo-EM structure of MLE in complex with ADP:AlF4 and UUC RNA
要素
  • Dosage compensation regulator
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA Helicase / Drosophila dosage compensation
機能・相同性
機能・相同性情報


RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulatory region RNA binding / regulation of cytoplasmic translation / PKR-mediated signaling / MSL complex ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulatory region RNA binding / regulation of cytoplasmic translation / PKR-mediated signaling / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / sex-chromosome dosage compensation / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / DNA duplex unwinding / lncRNA binding / 3'-5' DNA helicase activity / nuclear chromosome / positive regulation of heterochromatin formation / X chromosome / DNA helicase activity / determination of adult lifespan / helicase activity / double-stranded RNA binding / chromosome / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / RNA / RNA (> 10) / Dosage compensation regulator mle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Jagtap, P.K.A. / Hennig, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of RNA-induced autoregulation of the DExH-type RNA helicase maleless.
著者: Pravin Kumar Ankush Jagtap / Marisa Müller / Anna E Kiss / Andreas W Thomae / Karine Lapouge / Martin Beck / Peter B Becker / Janosch Hennig /
要旨: RNA unwinding by DExH-type helicases underlies most RNA metabolism and function. It remains unresolved if and how the basic unwinding reaction of helicases is regulated by auxiliary domains. We ...RNA unwinding by DExH-type helicases underlies most RNA metabolism and function. It remains unresolved if and how the basic unwinding reaction of helicases is regulated by auxiliary domains. We explored the interplay between the RecA and auxiliary domains of the RNA helicase maleless (MLE) from Drosophila using structural and functional studies. We discovered that MLE exists in a dsRNA-bound open conformation and that the auxiliary dsRBD2 domain aligns the substrate RNA with the accessible helicase tunnel. In an ATP-dependent manner, dsRBD2 associates with the helicase module, leading to tunnel closure around ssRNA. Furthermore, our structures provide a rationale for blunt-ended dsRNA unwinding and 3'-5' translocation by MLE. Structure-based MLE mutations confirm the functional relevance of our model for RNA unwinding. Our findings contribute to our understanding of the fundamental mechanics of auxiliary domains in DExH helicase MLE, which serves as a model for its human ortholog and potential therapeutic target, DHX9/RHA.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dosage compensation regulator
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6445
ポリマ－134,0892
非ポリマー5543
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4710 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area40910 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Dosage compensation regulator / ATP-dependent RNA helicase mle / Protein male-less / Protein maleless / Protein no action potential


分子量: 130465.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mle, nap, CG11680
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24785, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*CP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3624.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MLE in complex with ADP:AlF4 and UUC RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.133200 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 1mM DTT, 1mM ADP, 1mM AlF3, 10 mM NaF, 2mM MgCl2, 0.5% glycerol, 0.005% Triton X-100
試料濃度: 0.612 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: SerialEM / バージョン: 4.0.9 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 476446 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048200
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64511158
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3921200
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451288
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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