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万見
- PDB-8b93: Crystal structure of PPARG and NCOR2 with an inverse agonist (com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b93
タイトルCrystal structure of PPARG and NCOR2 with an inverse agonist (compound 15b)
要素
  • Nuclear receptor corepressor 2
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear hormone receptor transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Notch binding / negative regulation of extracellular matrix assembly ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Notch binding / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / : / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / estrous cycle / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / HDACs deacetylate histones / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / histone deacetylase binding / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Peroxisome proliferator-activated receptor / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / : / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q8F / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Friberg, A. / Orsi, D.L. / Pook, E. / Siegel, S. / Lemke, C.T. / Stellfeld, T. / Puetter, V. / Goldstein, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and characterization of orally bioavailable 4-chloro-6-fluoroisophthalamides as covalent PPARG inverse-agonists.
著者: Orsi, D.L. / Ferrara, S.J. / Siegel, S. / Friberg, A. / Bouche, L. / Pook, E. / Lienau, P. / Bluck, J.P. / Lemke, C.T. / Akcay, G. / Stellfeld, T. / Meyer, H. / Putter, V. / Holton, S.J. / ...著者: Orsi, D.L. / Ferrara, S.J. / Siegel, S. / Friberg, A. / Bouche, L. / Pook, E. / Lienau, P. / Bluck, J.P. / Lemke, C.T. / Akcay, G. / Stellfeld, T. / Meyer, H. / Putter, V. / Holton, S.J. / Korr, D. / Jerchel-Furau, I. / Pantelidou, C. / Strathdee, C.A. / Meyerson, M. / Eis, K. / Goldstein, J.T.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Nuclear receptor corepressor 2
D: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1446
ポリマ－69,0024
非ポリマー1,1422
水1,13563
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0723
ポリマ－34,5012
非ポリマー5711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Nuclear receptor corepressor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0723
ポリマ－34,5012
非ポリマー5711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.979, 85.479, 121.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31862.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone ...N-CoR2 / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / T3 receptor-associating factor / TRAC / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor


分子量: 2638.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
#3: 化合物 ChemComp-Q8F / 4-chloranyl-6-fluoranyl-~{N}1-[[4-fluoranyl-2-(2-methoxyethoxymethyl)phenyl]methyl]-~{N}3-[2-methyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]benzene-1,3-dicarboxamide


分子量: 570.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24ClF5N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 20%, HCOONa 0.2 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→45.53 Å / Num. obs: 29412 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.971 / Rrim(I) all: 0.334 / Net I/σ(I): 3.79
反射 シェル解像度: 2.21→2.34 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4613 / CC1/2: 0.625 / Rrim(I) all: 1.374 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal

解像度: 2.21→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 15.593 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3857 1471 5 %RANDOM
Rwork0.2734 ---
obs0.2788 27941 91.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.7 Å2 / Biso mean: 42.357 Å2 / Biso min: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4072 0 76 63 4211
Biso mean--51.6 33.82 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.6645674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2081.5979690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72223.909197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.46815809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02900
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 106 -
Rwork0.456 2010 -
all-2116 -
obs--91.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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