[日本語] English
万見
- PDB-8b8v: Crystal structure of the Rabies virus RNA free nucleoprotein- pho... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8v
タイトルCrystal structure of the Rabies virus RNA free nucleoprotein- phosphoprotein complex
要素
  • Nucleoprotein
  • Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / CHAPERONE / Complex / Replication machinery / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity ...helical viral capsid / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / Phosphoprotein / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phosphoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lyssavirus rabies (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gerard, F.C.A. / Jamin, M. / Bourhis, J.M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-BSV8-2012-NNViPol フランス
Foundation for Medical Research (France)Equipe 2017 DEQ20170336754 フランス
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structure and Dynamics of the Unassembled Nucleoprotein of Rabies Virus in Complex with Its Phosphoprotein Chaperone Module.
著者: Gerard, F.C.A. / Bourhis, J.M. / Mas, C. / Branchard, A. / Vu, D.D. / Varhoshkova, S. / Leyrat, C. / Jamin, M.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8183
ポリマ－56,7122
非ポリマー1061
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.571, 73.617, 154.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 48210.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyssavirus rabies (ウイルス) / 株: CVS-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: D6Q0Q6
#2: タンパク質 Phosphoprotein / Protein P / Protein M1


分子量: 8501.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyssavirus rabies (ウイルス) / 株: CVS-11 / 遺伝子: NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: A8VR26
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02M sodium/potassium phosphate, 0.1M Bis Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 1397

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gtt

2gtt


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.694 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 1050 5.1 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1807 19735 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.68 Å2 / Biso mean: 33.577 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3142 0 7 47 3196
Biso mean--42.83 28.8 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.9474347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0637005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17223.129147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31515542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8671522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02776
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 68 -
Rwork0.209 1397 -
all-1465 -
obs--98.85 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る