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- PDB-8b8s: Solution structure of tandem RRM1 and RRM2 domains of yeast NPL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8s
タイトルSolution structure of tandem RRM1 and RRM2 domains of yeast NPL3
要素Serine/arginine (SR)-type shuttling mRNA binding protein NPL3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Serine/arginine (SR)-type mRNA binding protein / Paramagnetic relaxation enhancement (PRE) based solution NMR structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / double-stranded telomeric DNA binding / telomeric repeat-containing RNA binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule ...negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / double-stranded telomeric DNA binding / telomeric repeat-containing RNA binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Npl3, RNA recognition motif 1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Npl3, RNA recognition motif 1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/arginine (SR)-type shuttling mRNA binding protein NPL3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Kachariya, N. / Sattler, M. / Keil, P. / Strasser, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1935 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Npl3 functions in mRNP assembly by recruitment of mRNP components to the transcription site and their transfer onto the mRNA.
著者: Keil, P. / Wulf, A. / Kachariya, N. / Reuscher, S. / Huhn, K. / Silbern, I. / Altmuller, J. / Keller, M. / Stehle, R. / Zarnack, K. / Sattler, M. / Urlaub, H. / Strasser, K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Npl3 functions in mRNP assembly by recruitment of mRNP components to the transcription site and their transfer onto the mRNA
著者: Keil, P. / Wulf, A. / Kachariya, N. / Reuscher, S. / Huhn, K. / Silbern, I. / Altmuller, J. / Stehle, R. / Zarnack, K. / Sattler, M. / Urlaub, H. / Strasser, K.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/arginine (SR)-type shuttling mRNA binding protein NPL3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2281
ポリマ－18,2281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Serine/arginine (SR)-type shuttling mRNA binding protein NPL3 / Mitochondrial targeting suppressor 1 protein / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 1 / ...Mitochondrial targeting suppressor 1 protein / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 1 / Nuclear protein localization protein 3 / Polyadenylate-binding protein NPL3


分子量: 18228.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Uniprot
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NPL3, MTR13, MTS1, NAB1, NOP3, YDR432W, D9461.19 / プラスミド: pET family vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01560

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HCACO
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D C(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1150 uM [U-100% 15N] RRM1,2 of NPL3, 90% H2O/10% D2Osample-190% H2O/10% D2O
solution21000 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] RRM1,2 of NPL3, 90% H2O/10% D2Osample-190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 uMRRM1,2 of NPL3[U-100% 15N]1
1000 uMRRM1,2 of NPL3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態詳細: For PRE (Paramagnetic Relaxation Enhancement) NMR measurement, the IPSL (3-{2-Iodoacetamid}-PROXYL) spin label attached at defined positions on each RRM domain and 1H-15N HSQC spectra ...詳細: For PRE (Paramagnetic Relaxation Enhancement) NMR measurement, the IPSL (3-{2-Iodoacetamid}-PROXYL) spin label attached at defined positions on each RRM domain and 1H-15N HSQC spectra recorded at oxidized and reduced state of the protein sample. The reduced state of the spectra measured by adding 10x molar excess of ascorbate in the sample.
イオン強度: 70 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501Cryogenic cool probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002Cryogenic cool probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003Cryogenic cool probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpin3.5pl6Bruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.5.0CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.5.0CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The ensemble structures are based on total of 100 distance restrains derived from PRE experiments, where 69 and 31 are intra- and inter-domain restrains.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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