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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b8s | ||||||
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タイトル | Solution structure of tandem RRM1 and RRM2 domains of yeast NPL3 | ||||||
要素 | Serine/arginine (SR)-type shuttling mRNA binding protein NPL3 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Serine/arginine (SR)-type mRNA binding protein / Paramagnetic relaxation enhancement (PRE) based solution NMR structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / negative regulation of translation ...negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Kachariya, N. / Sattler, M. / Keil, P. / Strasser, K. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Npl3 functions in mRNP assembly by recruitment of mRNP components to the transcription site and their transfer onto the mRNA. 著者: Keil, P. / Wulf, A. / Kachariya, N. / Reuscher, S. / Huhn, K. / Silbern, I. / Altmuller, J. / Keller, M. / Stehle, R. / Zarnack, K. / Sattler, M. / Urlaub, H. / Strasser, K. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Npl3 functions in mRNP assembly by recruitment of mRNP components to the transcription site and their transfer onto the mRNA 著者: Keil, P. / Wulf, A. / Kachariya, N. / Reuscher, S. / Huhn, K. / Silbern, I. / Altmuller, J. / Stehle, R. / Zarnack, K. / Sattler, M. / Urlaub, H. / Strasser, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b8s.cif.gz | 501.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b8s.ent.gz | 418.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b8s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/8b8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/8b8s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18228.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Uniprot 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NPL3, MTR13, MTS1, NAB1, NOP3, YDR432W, D9461.19 / プラスミド: pET family vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01560 |
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-実験情報
-実験
実験 |
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | 詳細: For PRE (Paramagnetic Relaxation Enhancement) NMR measurement, the IPSL (3-{2-Iodoacetamid}-PROXYL) spin label attached at defined positions on each RRM domain and 1H-15N HSQC spectra ...詳細: For PRE (Paramagnetic Relaxation Enhancement) NMR measurement, the IPSL (3-{2-Iodoacetamid}-PROXYL) spin label attached at defined positions on each RRM domain and 1H-15N HSQC spectra recorded at oxidized and reduced state of the protein sample. The reduced state of the spectra measured by adding 10x molar excess of ascorbate in the sample. イオン強度: 70 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-データ収集
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The ensemble structures are based on total of 100 distance restrains derived from PRE experiments, where 69 and 31 are intra- and inter-domain restrains. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |