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万見
- PDB-8b8h: Structure of DCS-resistant variant D322N of alanine racemase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8h
タイトルStructure of DCS-resistant variant D322N of alanine racemase from M. tuberculosis in complex with DCS
要素Alanine racemase
キーワードISOMERASE / Enzyme / alanine racemase / peptidoglycan biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L7N / Chem-OJQ / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者de Chiara, C. / Prosser, G. / Ogrodowicz, R.W. / de Carvalho, L.P.S.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteSee list below 英国
Cancer Research UKFC001060 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001060 英国
Wellcome TrustFC001060 英国
Wellcome Trust104785/B/14/Z 英国
引用
ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: Structure of the d-Cycloserine-Resistant Variant D322N of Alanine Racemase from Mycobacterium tuberculosis .
著者: de Chiara, C. / Prosser, G.A. / Ogrodowicz, R. / de Carvalho, L.P.S.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Comparative fitness analysis of D-cycloserine resistant mutants reveals both fitness-neutral and high-fitness cost genotypes.
著者: Evangelopoulos, D. / Prosser, G.A. / Rodgers, A. / Dagg, B.M. / Khatri, B. / Ho, M.M. / Gutierrez, M.G. / Cortes, T. / de Carvalho, L.P.S.
#2: ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: D-Cycloserine destruction by alanine racemase and the limit of irreversible inhibition.
著者: de Chiara, C. / Homsak, M. / Prosser, G.A. / Douglas, H.L. / Garza-Garcia, A. / Kelly, G. / Purkiss, A.G. / Tate, E.W. / de Carvalho, L.P.S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,48612
ポリマ－82,1002
非ポリマー1,38610
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.940, 163.940, 57.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

CA

21A-686-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alanine racemase


分子量: 41049.891 Da / 分子数: 2 / 変異: D322N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: alr, Rv3423c, MTCY78.06
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQA9, alanine racemase

-
非ポリマー , 7種, 353分子

#2: 化合物 ChemComp-OJQ / [2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methyl-(3-oxidanyl-1,2-oxazol-4-yl)azanium


分子量: 332.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-L7N / (~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylidene-[(4~{R})-3-oxidanylidene-1,2-oxazolidin-4-yl]azanium


分子量: 332.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM sodium MES buffer pH 6.2, 150 mM CaCl, 10.5% (v/v) PEG Smear Broad, 4.3% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→57.96 Å / Num. obs: 74924 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 30.21 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.765 / Num. unique obs: 3661 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.569

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SCZ

6scz


解像度: 1.78→53.93 Å / SU ML: 0.2833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.565
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 3789 5.06 %
Rwork0.1992 71059 -
obs0.2004 74848 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→53.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5395 0 87 343 5825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01475698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10697791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0697910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01081023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9147869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.80.4361280.41052585X-RAY DIFFRACTION99.96
1.8-1.830.4411310.39472594X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.850.40611250.36612623X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.35941330.33092561X-RAY DIFFRACTION99.96
1.88-1.910.34871500.31692622X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.940.31361340.28792575X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-1.970.27481420.2542618X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-20.30361310.23892589X-RAY DIFFRACTION100
2-2.040.24321490.22282617X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.080.25121580.22082570X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.120.25251220.21872643X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.170.26271550.22222553X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.220.26121340.22122639X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.31651510.23232601X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.22741540.22762575X-RAY DIFFRACTION99.96
2.33-2.40.2451380.20032636X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.480.2431430.19132623X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.570.21961390.18522622X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.19951520.1792615X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.21561330.17052636X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.940.22341370.17962652X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.120.20571300.182659X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.360.18371390.17572686X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.70.19691550.16412645X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.240.19081410.16552699X-RAY DIFFRACTION100
4.24-5.340.16341410.16692728X-RAY DIFFRACTION99.97
5.34-53.930.22331440.22582893X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3714520402260.05536610461350.3406013979351.716783735220.3002332810831.138837058550.07745187678590.134691105837-0.0695445581924-0.0952919505632-0.06655821454180.09857512185640.1623421546920.2736012855580.01411401554870.1807700989210.0672693421781-0.02576038923250.250861621993-0.03167803604450.22425940505227.4643044551.157226232937.5738203467
20.7628858857760.2138974715560.4247716788370.701519600398-0.09107559465871.19746980944-0.04181849747730.311986244326-0.09278114375-0.153429331269-0.0423928181693-0.125643140543-0.1455465966650.5475530752680.06159539030360.206779609373-0.0661301007088-0.0008718973409490.5174385903670.05295473857750.25979141968551.440055752216.917847124410.6535112637
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 13 - 383

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 383 )AA1 - 371
22chain 'B' and (resid 13 through 383 )BD2 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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