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- PDB-8b8e: Wild-type GH11 from Blastobotrys mokoenaii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8e
タイトルWild-type GH11 from Blastobotrys mokoenaii
要素BmGH11
キーワードCARBOHYDRATE / endo-b-1 / 4-xylanase / xylan / b-jelly roll
機能・相同性TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Blastobotrys mokoenaii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Coleman, T. / Ravn, J.L. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, European Union, 3件
組織認可番号国
Carl Trygger FoundationCTS 19:195 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS 18:118 スウェーデン
European Union (EU)964430European Union
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Yeasts Have Evolved Divergent Enzyme Strategies To Deconstruct and Metabolize Xylan.
著者: Ravn, J.L. / Ristinmaa, A.S. / Coleman, T. / Larsbrink, J. / Geijer, C.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BmGH11
B: BmGH11
C: BmGH11
D: BmGH11
E: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,72940
ポリマ－121,2155
非ポリマー2,51435
水13,169731
1
A: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,95711
ポリマ－24,2431
非ポリマー71410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,11112
ポリマ－24,2431
非ポリマー86811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5976
ポリマ－24,2431
非ポリマー3545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3844
ポリマ－24,2431
非ポリマー1413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: BmGH11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6807
ポリマ－24,2431
非ポリマー4376
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.039, 37.860, 142.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
BmGH11


分子量: 24242.996 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blastobotrys mokoenaii (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: endo-1,4-beta-xylanase

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非ポリマー , 8種, 766分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JCSG+ kit condition D12: 0.04 M Potassium phosphate monobasic, 16 % w/v PEG 8000, 20% w/v glycerol; 32.5 mg/mL BmGH11. 3 weeks at room temperature.
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→80.48 Å / Num. obs: 125550 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.25 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 412389 / Scaling rejects: 1868
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.582.71.091588559220.3690.7731.3450.894.9
8.48-80.4830.06926038740.9770.0450.083999.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.55 Å80.48 Å
Translation1.55 Å80.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model of BmGH11

解像度: 1.55→63.11 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1998 1.6 %Random selection, 5% reflections
Rwork0.193 122812 --
obs0.1935 124810 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.78 Å2 / Biso mean: 23.5248 Å2 / Biso min: 9.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→63.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7295 0 376 731 8402
Biso mean--39.84 31.17 -
残基数----957
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.590.35871350.3558260839594
1.59-1.630.33541480.32358675882398
1.63-1.680.33271360.30458642877899
1.68-1.730.29661470.2728704885199
1.73-1.790.30011430.24748698884199
1.79-1.870.26191320.22998756888899
1.87-1.950.26021460.22298748889499
1.95-2.050.22821410.18187688909100
2.05-2.180.23191410.179588588999100
2.18-2.350.19551450.173388268971100
2.35-2.590.21011430.17788794893799
2.59-2.960.21841440.173989319075100
2.96-3.730.18511480.159189509098100
3.73-63.110.20451490.17992029351100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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