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- PDB-8b80: The structure of Gan1D W433A in complex with galactose-6P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b80
タイトルThe structure of Gan1D W433A in complex with galactose-6P
要素Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
キーワードHYDROLASE / 6-phospho-beta-galactosidase / galactose-6-phosphate / GH1 / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-galactopyranose / IMIDAZOLE / Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Snyder, J. / Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Not funded イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of Gan1D W433A in complex with galactose-6P
著者: Snyder, J. / Lansky, S. / Zehavi, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
B: Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8657
ポリマ－110,3052
非ポリマー5595
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area32130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 68.600, 152.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-621-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase


分子量: 55152.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: gan1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QF82, 6-phospho-beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 糖 ChemComp-BGP / 6-O-phosphono-beta-D-galactopyranose / BETA-GALACTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-galactose / 6-O-phosphono-D-galactose / 6-O-phosphono-galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス6-O-ホスファ-ト


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Galp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19% polyethylene glycol 8 K, 3% MPD, 0.1 M imidazole buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 104900 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.97
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.944 / Num. unique obs: 16376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OKH

5okh


解像度: 1.78→19.932 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 2093 2 %
Rwork0.1784 102729 -
obs0.1792 104822 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.13 Å2 / Biso mean: 38.3736 Å2 / Biso min: 18.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→19.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7730 0 37 593 8360
Biso mean--39.08 42.52 -
残基数----948
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.78-1.81730.33591310.3146642593
1.8173-1.86270.3071380.27776779100
1.8627-1.9130.30511400.26316837100
1.913-1.96920.26511400.24656843100
1.9692-2.03270.24491370.22476859100
2.0327-2.10530.281380.21696822100
2.1053-2.18950.2541410.21766909100
2.1895-2.2890.28481390.20396834100
2.289-2.40950.25171400.20526855100
2.4095-2.56020.25121410.19716913100
2.5602-2.75740.23681410.19226890100
2.7574-3.0340.21711400.18746873100
3.034-3.4710.20441410.17326896100
3.471-4.36560.17921410.1456919100
4.3656-19.9320.16711450.13717075100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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