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- PDB-8b7s: Crystal structure of the Chloramphenicol-inactivating oxidoreduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b7s
タイトルCrystal structure of the Chloramphenicol-inactivating oxidoreductase from Novosphingobium sp
要素Chloramphenicol-inactivating oxidoreductase
キーワードFLAVOPROTEIN / CAP-oHase / Chloramphenicol / Oxidoreductase / Flavin / FAD / CAP / anitmicrobial resistance
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Novosphingobium sp. B 225 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, L. / Toplak, M. / Saleem-Batcha, R. / Hoeing, L. / Jakob, R.P. / Jehmlich, N. / von Bergen, M. / Maier, T. / Teufel, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TE 931/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TE 931/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Bacterial Dehydrogenases Facilitate Oxidative Inactivation and Bioremediation of Chloramphenicol.
著者: Zhang, L. / Toplak, M. / Saleem-Batcha, R. / Hoing, L. / Jakob, R. / Jehmlich, N. / von Bergen, M. / Maier, T. / Teufel, R.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.62024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol-inactivating oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5052
ポリマ－58,7191
非ポリマー7861
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.623, 43.806, 164.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Chloramphenicol-inactivating oxidoreductase


分子量: 58719.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium sp. B 225 (バクテリア)
プラスミド: pET11-M11-His-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus-D03: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.02 M of each alcohol (1,6-hexanediol, M 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.609 Å / Num. obs: 31156 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2528 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.732 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.1→44.609 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1636 5.26 %
Rwork0.2071 29494 -
obs0.2085 31130 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.74 Å2 / Biso mean: 68.6075 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 0 84 115 3681
Biso mean--38.49 71.13 -
残基数----458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.16180.34081420.3252241599
2.1618-2.23160.35071300.3149242899
2.2316-2.31130.28511330.2813247699
2.3113-2.40390.31261150.2392244298
2.4039-2.51330.24921400.2198239099
2.5133-2.64580.25241420.21852470100
2.6458-2.81150.26351460.22022457100
2.8115-3.02850.26091280.2256248399
3.0285-3.33320.24091570.2101243398
3.3332-3.81530.2251240.1957243597
3.8153-4.8060.19521340.162252499
4.806-44.6090.19531450.1993254198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2831-0.8085-0.34681.82320.04742.466-0.0340.0003-0.23150.1664-0.10530.0810.0883-0.1490.12420.3337-0.0682-0.01660.24130.00560.29689.3003-2.289819.6526
22.3297-0.1773-0.88271.54041.31992.2659-0.0177-0.0533-0.2666-0.128-0.32360.40390.2102-0.97770.26910.5425-0.0920.0170.8358-0.11680.6136-18.9418-3.87219.8765
31.6005-0.37170.00731.73660.122.1784-0.08110.0172-0.04160.2702-0.0355-0.24280.01310.0820.12530.3909-0.0496-0.05930.25120.04360.310414.25540.201423.798
43.39942.1155-2.19515.3954-3.06514.8877-0.44930.1647-0.3716-0.49790.302-0.24330.6837-0.45160.04690.4847-0.0550.06370.68-0.08220.5474-16.138-0.370220.2556
52.8348-0.21910.38111.31230.16321.5955-0.1759-0.25770.20770.2178-0.04150.218-0.198-0.60440.19280.4070.02420.01950.4941-0.05520.3643-4.43147.4124.6991
64.5306-0.6838-0.42783.11210.61064.528-0.09960.7713-0.1836-0.2637-0.1225-0.2527-0.23090.02940.14650.3259-0.0097-0.01550.3140.04020.282116.3178-0.4749.5918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 132 )A2 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 181 )A133 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 304 )A182 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 305 through 386 )A305 - 386
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 387 through 513 )A387 - 513
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 514 through 537 )A514 - 537

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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