ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0352精密化 XDSデータ削減 XDSデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 4D06解像度 : 2.15→48.29 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.972 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.96 / SU B : 7.957 / SU ML : 0.103 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.122 / ESU R Free : 0.117 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1897 2035 1.1 % RANDOM Rwork 0.1632 - - - obs 0.1635 183628 99.69 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 190.85 Å2 / Biso mean : 35.332 Å2 / Biso min : 20.13 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.17 Å2 -0 Å2 0 Å2 2- - -0.92 Å2 0 Å2 3- - - 1.09 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.15→48.29 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 12794 0 161 1801 14756 Biso mean - - 98.88 42.5 - 残基数 - - - - 1559
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.012 13476 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.016 11922 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.536 1.656 18365 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.504 1.563 27827 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.731 5 1581 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg7.186 5 66 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.947 10 2157 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.074 0.2 1841 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 15231 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 2893
LS精密化 シェル 解像度 : 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.343 149 - Rwork 0.335 13448 - all - 13597 - obs - - 99.65 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.2707 -0.0982 -0.004 0.1434 0.028 0.2278 0.0327 -0.0006 0.0144 -0.0248 -0.0373 0.0094 -0.0062 0.0869 0.0046 0.2459 -0.031 0.0043 0.3645 0.018 0.0216 54.382 75.539 66.846 2 0.0818 -0.0173 0.0334 0.2742 0.0012 0.2174 0.0302 -0.0308 0.0063 0.0264 -0.0423 -0.0185 -0.038 0.0186 0.0121 0.3051 -0.076 0.0008 0.3187 -0.0196 0.0121 34.256 92.29 85.838 3 0.1956 -0.0241 -0.1347 0.1919 -0.1293 0.3808 0.0404 0.0245 -0.0408 -0.0551 -0.0311 0.017 0.0221 -0.0142 -0.0093 0.3219 -0.0262 -0.0351 0.2969 -0.0297 0.0181 23.083 61.024 45.72 4 0.5374 0.1083 -0.0309 0.1176 0.0829 0.1278 0.0227 0.0038 0.041 -0.0191 -0.0059 0.0417 0.0089 0.0021 -0.0169 0.2746 -0.0356 -0.0138 0.2919 0.0127 0.0671 3.007 78.751 63.869 5 0.2138 0.1396 -0.0614 0.3785 0.1249 0.1515 0.0655 -0.037 -0.0672 0.0432 -0.0397 -0.0526 0.0306 0.031 -0.0257 0.2962 -0.016 -0.0722 0.271 0.0298 0.0714 36.372 41.307 78.579 6 0.1728 -0.0631 -0.0372 0.0982 0.0777 0.4043 0.0702 -0.0842 -0.0101 -0.0025 -0.0344 0.0072 0.0578 -0.0434 -0.0358 0.2948 -0.1297 -0.0224 0.3531 0.0308 0.0088 15.507 58.159 96.535
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 282 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 282 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C1 - 282 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D1 - 282 5 X-RAY DIFFRACTION 5 E1 - 282 6 X-RAY DIFFRACTION 6 F1 - 282