PDB-8b7p: Crystal structure of an AA9 LPMO from Aspergillus nidulans, AnLPMOC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b7p

タイトル

Crystal structure of an AA9 LPMO from Aspergillus nidulans, AnLPMOC

要素

Endo-beta-1,4-glucanase D

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lytic polysaccharide monooxygenase / copper-binding protein / histidine brace

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Males, A. / Rafael Fanchini Terrasan, C. / Davies, G.J. / Walton, P.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterisation of lytic polysaccharide monooxygenases from Aspergillus nidulans
著者: Rafael Fanchini Terrasan, C. / Males, A. / Figueiredo, F.L. / Gerhardt, J.A. / Rubio, M.V. / Franco Cairo, J.P. / Lindley, P. / Steward, M. / Lima Valadares, F. / Correa, T.L.R. / Davies, G.J. ...

履歴

登録	2022年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b7p.cif.gz	312 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b7p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b7p_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b7p_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8b7p_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	8b7p_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b5qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endo-beta-1,4-glucanase D

BBB: Endo-beta-1,4-glucanase D

CCC: Endo-beta-1,4-glucanase D

DDD: Endo-beta-1,4-glucanase D

ヘテロ分子

91.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Endo-beta-1,4-glucanase D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Endo-beta-1,4-glucanase D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Endo-beta-1,4-glucanase D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: Endo-beta-1,4-glucanase D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.900, 64.378, 76.237
Angle α, β, γ (deg.)	86.459, 85.540, 68.208
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Endo-beta-1,4-glucanase D / Endoglucanase D / Carboxymethylcellulase D / Cellulase D

分子量: 22476.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
遺伝子: ANIA_06428 / 発現宿主:

Aspergillus nidulans (カビ) / 参照: UniProt: Q5AZ52, cellulase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CU / COPPER (II) ION

分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→75.96 Å / Num. obs: 39040 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.11→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1271 / CC_1/2: 0.779

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4B5Q

4b5q

解像度: 2.11→75.958 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / SU B: 7.931 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	1947	4.988 %
R_work	0.2135	37090	-
all	0.217	-	-
obs	-	39037	80.409 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.175 Å²	-0.061 Å²	0.015 Å²
2-	-	0.154 Å²	0.02 Å²
3-	-	-	-0.074 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→75.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6296	0	62	262	6620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.664	9072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.264	1.588	13242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.649	5	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.641	24.12	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.867	15	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.64	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.289	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.141	1.744	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.141	1.744	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.88	2.611	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.88	2.611	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.132	1.803	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.132	1.803	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.888	2.689	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.888	2.69	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.455	20.699	7177
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.449	20.699	7159

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.11-2.165	0.296	48	0.237	1051	0.239	3621	0.816	0.841	30.3507	0.238
2.165-2.224	0.297	90	0.237	1626	0.24	3512	0.829	0.857	48.861	0.237
2.224-2.288	0.284	63	0.249	1244	0.251	3386	0.833	0.84	38.6001	0.248
2.288-2.359	0.335	127	0.26	2561	0.263	3276	0.756	0.795	82.0513	0.258
2.359-2.436	0.318	147	0.257	2832	0.261	3212	0.786	0.814	92.746	0.254
2.436-2.521	0.273	145	0.216	2885	0.219	3112	0.864	0.886	97.365	0.211
2.521-2.616	0.295	132	0.238	2758	0.241	2961	0.839	0.854	97.6022	0.234
2.616-2.723	0.42	65	0.269	1357	0.276	2867	0.7	0.799	49.5989	0.26
2.723-2.844	0.291	135	0.229	2603	0.232	2783	0.832	0.855	98.383	0.22
2.844-2.983	0.299	139	0.238	2434	0.242	2621	0.867	0.87	98.1686	0.229
2.983-3.144	0.262	134	0.238	2308	0.239	2488	0.866	0.865	98.1511	0.229
3.144-3.334	0.314	122	0.233	2244	0.237	2396	0.829	0.876	98.7479	0.225
3.334-3.564	0.298	112	0.224	2078	0.228	2223	0.9	0.915	98.5155	0.221
3.564-3.849	0.31	101	0.202	1949	0.206	2085	0.85	0.906	98.3213	0.198
3.849-4.215	0.193	66	0.166	1455	0.167	1887	0.946	0.946	80.6041	0.163
4.215-4.711	0.212	83	0.152	1619	0.155	1734	0.949	0.961	98.1546	0.153
4.711-5.436	0.202	74	0.156	1438	0.158	1531	0.956	0.964	98.759	0.159
5.436-6.649	0.217	96	0.173	1188	0.177	1289	0.954	0.952	99.6121	0.176
6.649-9.367	0.216	34	0.158	953	0.16	995	0.944	0.962	99.196	0.162
9.367-75.958	0.16	34	0.196	507	0.194	545	0.956	0.956	99.2661	0.208

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)