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万見
- PDB-8b7i: Human HSP90 alpha ATP Binding Domain, ATP-lid open conformation, R60A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b7i
タイトルHuman HSP90 alpha ATP Binding Domain, ATP-lid open conformation, R60A
要素HSP90AA1 protein
キーワードCHAPERONE / Human Chaperone Protein / HSP90 alpha / N-Terminal Domain / ATP Binding Domain / Ground State / ATP-lid Open State
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rioual, E. / Henot, F. / Favier, A. / Macek, P. / Crublet, E. / Josso, P. / Brutscher, B. / Frech, M. / Gans, P. / Loison, C. / Boisbouvier, J.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-05-02 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Visualizing the transiently populated closed-state of human HSP90 ATP binding domain.
著者: Henot, F. / Rioual, E. / Favier, A. / Macek, P. / Crublet, E. / Josso, P. / Brutscher, B. / Frech, M. / Gans, P. / Loison, C. / Boisbouvier, J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Visualizing the Transiently Populated Closed-State of Human HSP90 ATP Binding Domain
著者: Henot, F. / Rioual, E. / Favier, A. / Macek, P. / Crublet, E. / Josso, P. / Brutscher, B. / Frech, M. / Gans, P. / Loison, C. / Boisbouvier, J.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HSP90AA1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9341
ポリマ－29,9341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 HSP90AA1 protein


分子量: 29934.477 Da / 分子数: 1 / 変異: R60A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q2VPJ6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY
122isotropic33D HCC-COSY
131isotropic12D Methyl-TROSY
143isotropic33D HCC-COSY
152isotropic33D HC(C)C-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N; U-2H; 13C(1H)3 ALA-b, ILE-d1, LEU-d2, MET-e, THR-g, VAL-g2] HSP90 alpha NTD, 150 mM Na+, 150 mM Cl-, 1 mM TCEP, 20 mM [U-2H] HEPES, 100% D2OPerdeuterated and Specifically 13C(1H)3 sample labelled ALA-b, ILE-d1, LEU-d2, MET-e, THR-g, VAL-g2 methyl groups[U-15N; U-2H; 13C(1H)3 ALA-b, ILE-d1, LEU-d2, MET-e, THR-g, VAL-g2]100% D2O
solution20.5 mM [U-2; U-15N; LEU U-13C, U-2H, 13C(1H)3d2, 12C(2H)3d1; VAL U-13C, U-2H, 13C(1H)3g2, 12C(2H)3g1; ILE U-13C, U-2H, 13C(1H)3d1, 12C(2H)3g2] HSP90 alpha NTD, 150 mM Na+, 150 mM Cl-, 1 mM TCEP, 20 mM [U-2H] HEPES, 100% D2OPerdeuterated and Specifically 13C(1H)3 sample labelled ILE-d1, LEU-d2, VAL-g2 methyl groups[U-2; U-15N; LEU U-13C, U-2H, 13C(1H)3d2, 12C(2H)3d1; VAL U-13C, U-2H, 13C(1H)3g2, 12C(2H)3g1; ILE U-13C, U-2H, 13C(1H)3d1, 12C(2H)3g2]100% D2O
solution30.5 mM [U-15N; THR U-13C; ALA U-13C] HSP90 alpha NTD, 150 mM Na+, 150 mM Cl-, 1 mM TCEP, 20 mM HEPES, 100% D2OPerdeuterated and Specifically 13C(1H)3 sample labelled ALA, THR methyl groups[U-15N; THR U-13C; ALA U-13C]100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMHSP90 alpha NTD[U-15N; U-2H; 13C(1H)3 ALA-b, ILE-d1, LEU-d2, MET-e, THR-g, VAL-g2]1
150 mMNa+natural abundance1
150 mMCl-natural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
20 mMHEPES[U-2H]1
0.5 mMHSP90 alpha NTD[U-2; U-15N; LEU U-13C, U-2H, 13C(1H)3d2, 12C(2H)3d1; VAL U-13C, U-2H, 13C(1H)3g2, 12C(2H)3g1; ILE U-13C, U-2H, 13C(1H)3d1, 12C(2H)3g2]2
150 mMNa+natural abundance2
150 mMCl-natural abundance2
1 mMTCEPnatural abundance2
20 mMHEPES[U-2H]2
0.5 mMHSP90 alpha NTD[U-15N; THR U-13C; ALA U-13C]3
150 mMNa+natural abundance3
150 mMCl-natural abundance3
1 mMTCEPnatural abundance3
20 mMHEPESnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: pH 7.5 / pH: 7.5 / 圧: 1 bar / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD95015 mm Cryogenic Probe head
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD85025 mm Cryogenic Probe head
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD60035 mm Cryogenic Probe head

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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