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万見
- PDB-8b7f: Nuclease from C. glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b7f
タイトルNuclease from C. glutamicum
要素Ubiquitin-like protein SMT3,MksG
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP028408 / Wadjet protein JetD, C-terminal / Domain of unknown function DUF3322 / Wadjet protein JetD, C-terminal / Uncharacterized protein conserved in bacteria N-term (DUF3322) / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein SMT3 / Wadjet protein JetD C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Wehenkel, A. / Ben Assaya, M. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: The MksG nuclease is the executing part of the bacterial plasmid defense system MksBEFG.
著者: Weiss, M. / Giacomelli, G. / Assaya, M.B. / Grundt, F. / Haouz, A. / Peng, F. / Petrella, S. / Wehenkel, A.M. / Bramkamp, M.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,MksG
B: Ubiquitin-like protein SMT3,MksG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3072
ポリマ－107,3072
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.086, 126.776, 150.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 21 through 215)
d_2ens_1(chain "B" and resid 21 through 215)
d_1ens_2(chain "A" and resid 219 through 388)
d_2ens_2(chain "B" and resid 219 through 388)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1METMETASPASPAA21 - 215107 - 301
d_2ens_1METMETASPASPBB21 - 215107 - 301
d_1ens_2ARGARGGLYGLYAA219 - 388305 - 474
d_2ens_2ARGARGGLYGLYBB219 - 388305 - 474

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8505595672, -0.0174916185267, 0.525587733805), (-0.00837781349288, -0.998869132327, -0.0468003068894), (0.525811976742, -0.0442097247806, 0.849451155364)52.6042394354, 103.340566177, -12.8422212867
2given(-0.786437613061, -0.0259318917537, 0.617125123256), (0.00290837722281, -0.999262697761, -0.0382831843665), (0.617662870914, -0.0283125034814, 0.785933190571)48.9761005045, 102.37914323, -14.5249204985

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,MksG


分子量: 53653.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 204508 / S288c, ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, Cgl2803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q8NLY3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 6K, 30% (v/v) ethanol and 10 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.6→61.5 Å / Num. obs: 8738 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 136.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 4.6→4.77 Å / Num. unique obs: 597 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.444

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 4.6→49.21 Å / SU ML: 0.7117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.2601
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3114 393 5.17 %
Rwork0.2695 7202 -
obs0.2717 7595 87.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 146.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.6→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5862 0 0 0 5862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00385998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88758158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01141058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3998800
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0596945755362
ens_2d_2AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0429574247351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.6-5.270.37281030.33441855X-RAY DIFFRACTION69.02
5.27-6.630.39511280.32772519X-RAY DIFFRACTION92.23
6.64-49.210.26091620.2262828X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.011494511232.768891334026.585520107081.511568300534.548708947328.475977773980.458818337795-0.296582554511-0.2777414774220.159082103406-0.282622229815-0.3016221558290.361029701667-0.657657277123-0.02111700581510.790814488816-0.103252782547-0.04432624183511.18790049992-0.104725330080.74954067986512.057631903614.71388978978.18998304404
24.64133741877-0.6541448582892.631900808353.65581988716-1.333393294384.83738239464-0.143609842668-0.0172689908275-0.06655625976020.517170607725-0.1661810536840.5247775130010.00750431906073-0.266759687260.1134859876251.028669942780.03726492248950.249409108660.795785290406-0.2704035638920.88488300241326.659051283564.990557433338.1574120823
31.057903794560.514102617529-0.4497598161351.07801015532-1.606998655676.099635069910.2807468556121.10011974730.0948205922774-0.55232012091-0.463154990879-0.599720885591-1.214095796580.2636013550810.3749937099191.68191571435-0.02727765797150.2028602627651.62909125230.2090737889240.73265216503346.39557305688.1591210415-0.19571289784
41.263376499972.130873922060.1476447823387.012570682332.544324998137.51517974809-0.05509924985490.22461163829-0.579972459443-0.498668389320.187701272732-0.444539600311-0.280275492076-0.0850708414638-0.3091864156870.9474373757730.123681140162-0.01422439153581.068227523610.03460365409730.95995595955949.872979368236.053276413530.0904433539
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 215 )AA21 - 2151 - 195
22chain 'A' and (resid 219 through 388 )AA219 - 388199 - 368
33chain 'B' and (resid 21 through 215 )BB21 - 2151 - 195
44chain 'B' and (resid 219 through 388 )BB219 - 388199 - 368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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