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万見
- PDB-8b7d: Luminal domain of TMEM106B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b7d
タイトルLuminal domain of TMEM106B
要素Transmembrane protein 106B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / luminal domain / fibronectin type III (Fn3) / 7-bladed beta-sandwich fold / receptor binding / SARS CoV2 / Covid19
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Transmembrane protein 106 N-terminal region / Transmembrane protein 106 / TM106 protein C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 106B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Pye, V.E. / Roustan, C. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001061 英国
Wellcome TrustFC001061 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001061 英国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: TMEM106B is a receptor mediating ACE2-independent SARS-CoV-2 cell entry.
著者: Jim Baggen / Maarten Jacquemyn / Leentje Persoons / Els Vanstreels / Valerie E Pye / Antoni G Wrobel / Valeria Calvaresi / Stephen R Martin / Chloë Roustan / Nora B Cronin / Eamonn Reading / ...著者: Jim Baggen / Maarten Jacquemyn / Leentje Persoons / Els Vanstreels / Valerie E Pye / Antoni G Wrobel / Valeria Calvaresi / Stephen R Martin / Chloë Roustan / Nora B Cronin / Eamonn Reading / Hendrik Jan Thibaut / Thomas Vercruysse / Piet Maes / Frederik De Smet / Angie Yee / Toey Nivitchanyong / Marina Roell / Natalia Franco-Hernandez / Herve Rhinn / Alusha Andre Mamchak / Maxime Ah Young-Chapon / Eric Brown / Peter Cherepanov / Dirk Daelemans /
要旨: SARS-CoV-2 is associated with broad tissue tropism, a characteristic often determined by the availability of entry receptors on host cells. Here, we show that TMEM106B, a lysosomal transmembrane ...SARS-CoV-2 is associated with broad tissue tropism, a characteristic often determined by the availability of entry receptors on host cells. Here, we show that TMEM106B, a lysosomal transmembrane protein, can serve as an alternative receptor for SARS-CoV-2 entry into angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-negative cells. Spike substitution E484D increased TMEM106B binding, thereby enhancing TMEM106B-mediated entry. TMEM106B-specific monoclonal antibodies blocked SARS-CoV-2 infection, demonstrating a role of TMEM106B in viral entry. Using X-ray crystallography, cryogenic electron microscopy (cryo-EM), and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), we show that the luminal domain (LD) of TMEM106B engages the receptor-binding motif of SARS-CoV-2 spike. Finally, we show that TMEM106B promotes spike-mediated syncytium formation, suggesting a role of TMEM106B in viral fusion. Together, our findings identify an ACE2-independent SARS-CoV-2 infection mechanism that involves cooperative interactions with the receptors heparan sulfate and TMEM106B.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein 106B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6585
ポリマ－22,7731
非ポリマー8854
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.408, 52.408, 132.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protein 106B


分子量: 22772.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM106B / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUM4
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M NaCl, 0.1 M BisTris-HCl, pH 5.5 / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.76 Å / Num. obs: 6291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 74.79 Å2 / CC1/2: 0.371 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 3.804 / Num. unique obs: 301 / CC1/2: 0.371 / Rpim(I) all: 0.756 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4682精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha fold model Q8N353

解像度: 2.59→48.76 Å / SU ML: 0.3241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 299 4.79 %
Rwork0.2343 5943 -
obs0.2349 6242 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 56 5 1246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00451261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60551715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4018466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-3.260.32851370.31212891X-RAY DIFFRACTION99.9
3.26-48.760.22511620.21623052X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.5384531045 Å / Origin y: 6.48155424368 Å / Origin z: -4.4200548864 Å
111213212223313233
T0.575562771048 Å2-0.0139282744456 Å20.0104122882406 Å2-0.697095793288 Å20.0821081993109 Å2--0.595369826096 Å2
L1.01425607319 °2-1.04177167872 °20.771160543151 °2-0.780360192034 °2-0.587584691393 °2---0.211543397768 °2
S-0.00680088915369 Å °-0.144020289761 Å °-0.0573306443389 Å °0.00661555826881 Å °0.159733958337 Å °0.115529932408 Å °0.00468664007101 Å °-0.0888177163305 Å °-3.55178794179E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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