PDB-8b7b: Tubulin - maytansinoid - 6 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b7b

タイトル

Tubulin - maytansinoid - 6 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. ...

資金援助

European Union,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Maytansinol Functionalization: Towards Useful Probes for Studying Microtubule Dynamics.
著者: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. ...

履歴

登録	2022年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b7b.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b7b.ent.gz	752.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b7b_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b7b_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8b7b_validation.xml.gz	87.1 KB	表示
CIF形式データ	8b7b_validation.cif.gz	119.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b7aC 8b7cC 5lxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.085, 155.637, 181.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 9種, 751分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 化合物	ChemComp-PX0 / (~{Z})-11-[[(1~{R},2~{R},3~{S},5~{S},6~{S},16~{E},18~{E},20~{R},21~{S})-11-chloranyl-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-21-oxidanyl-8,23-bis(oxidanylidene)-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1^{10,14}.0^{3,5}]hexacosa-10(26),11,13,16,18-pentaen-6-yl]oxy]-11-oxidanylidene-undec-2-enoic acid 分子量: 761.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₅₃ClN₂O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→47.83 Å / Num. obs: 139947 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 49.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.04133 / R_rim(I) all: 0.1546 / Net I/σ(I): 16.76
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 2.913 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 13689 / CC_1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / R_pim(I) all: 0.8236 / R_rim(I) all: 3.029 / % possible all: 98.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.25→47.83 Å / SU ML: 0.3245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3769
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	6996	5 %
R_work	0.1837	132933	-
obs	0.1858	139929	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17263	0	232	733	18228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	17970
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4895	24377
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0604	6692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.27	0.4084	224	0.3573	4245	X-RAY DIFFRACTION	96.44
2.27-2.3	0.334	231	0.3218	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.3-2.33	0.3111	229	0.302	4351	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.33-2.36	0.3241	230	0.2918	4366	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.36-2.39	0.3181	230	0.2915	4363	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.39-2.42	0.3464	230	0.2912	4360	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.42-2.45	0.3043	230	0.2685	4385	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.45-2.49	0.3085	231	0.2629	4385	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.49-2.53	0.3166	230	0.2568	4376	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.53-2.57	0.2839	232	0.2363	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.57-2.62	0.2729	230	0.2296	4359	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.62-2.66	0.2953	232	0.2314	4421	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.66-2.72	0.2919	232	0.2274	4398	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.72-2.77	0.2894	232	0.2253	4401	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.77-2.83	0.2811	232	0.2134	4421	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.83-2.9	0.2679	231	0.2166	4377	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.9-2.97	0.2299	233	0.2155	4436	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.97-3.05	0.2325	233	0.1918	4423	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.05-3.14	0.2358	234	0.1885	4454	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.14-3.24	0.2508	233	0.1916	4422	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.24-3.36	0.2417	234	0.1879	4436	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.36-3.49	0.2135	233	0.1798	4432	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.49-3.65	0.2061	235	0.17	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.65-3.84	0.2141	235	0.1595	4470	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.84-4.08	0.1841	236	0.1507	4482	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.08-4.4	0.1785	236	0.1421	4485	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.4-4.84	0.182	238	0.1299	4514	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.84-5.54	0.189	240	0.1522	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.54-6.97	0.2265	241	0.1774	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.92
6.97-47.83	0.1813	249	0.1681	4755	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.814582040409	-0.762053780864	-0.600603912591	1.5060202529	-0.143280850301	1.01916992678	0.0286547048687	0.156785955835	0.294270887511	-0.516280583275	0.214455275839	-0.129106472098	-0.92598210551	0.132197967995	7.36507086433E-5	0.922965390764	-0.173792890699	0.103911781526	0.617969519607	-0.121398978517	0.624712155566	28.4462988588	95.3587081284	52.9193122129
2	0.426548789105	-0.0259272397075	0.692322427319	0.647378159132	0.727313948503	1.73226863799	-0.115318497958	0.425536989225	0.100984870902	-0.83408501139	0.528745964506	-0.568027832662	-0.898097626425	0.757090180726	-0.00161722759017	0.773513785604	-0.207505631445	0.198205482055	0.783561167323	-0.230988834129	0.732454443634	35.0679369645	82.6884259511	45.8035295782
3	0.467922506693	-0.825881939719	-0.667925123506	2.59255263965	0.34999714572	2.04221529685	0.108420364573	-0.115551640457	0.000932964216609	0.222956410695	0.242301293276	-0.382274745126	-0.121950033668	0.708652301877	0.00263054018796	0.455441106114	-0.0350329601851	0.0308297503618	0.670003120009	-0.254922906348	0.570390844626	32.8209151583	76.5317440901	57.8136472848
4	0.834365910724	-0.796001600799	-0.50736259657	2.13033014847	0.174939414206	2.5286225062	0.0456898483727	0.0648118539217	-0.0201857622995	0.0821799315872	0.102119180167	0.00864314430382	-0.286802575429	0.0940774566434	-0.000102668711836	0.548832646682	0.0180909633716	0.0734197116229	0.479786626758	-0.0782131834653	0.539856795172	19.7876031765	84.484419527	63.4103570676
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6	1.03635679201	0.32725793827	0.20280786044	0.249992274881	0.262108772306	0.576651178338	0.00218968243362	-0.309300072322	0.15247987135	0.450032102349	-0.00279955455412	0.105356537301	-0.225614296102	-0.00614341525597	-1.3566778852E-5	0.806474813592	0.0497612211105	0.105496413004	0.589979176745	-0.122167349006	0.59614731288	17.0135088964	86.3419972303	80.3977278213
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 79 )	A	A	1 - 79	1 - 79
2	2	chain 'A' and (resid 80 through 127 )	A	A	80 - 127	80 - 127
3	3	chain 'A' and (resid 128 through 197 )	A	A	128 - 197	128 - 197
4	4	chain 'A' and (resid 198 through 259 )	A	A	198 - 259	198 - 259
5	5	chain 'A' and (resid 260 through 306 )	A	A	260 - 306	260 - 306
6	6	chain 'A' and (resid 307 through 336 )	A	A	307 - 336	307 - 336
7	7	chain 'A' and (resid 337 through 414 )	A	A	337 - 414	337 - 414
8	8	chain 'A' and (resid 415 through 438 )	A	A	415 - 438	415 - 438
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	F	1 - 88	1 - 86
10	10	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	F	89 - 259	87 - 257
11	11	chain 'B' and (resid 260 through 437 )	B	F	260 - 437	258 - 423
12	12	chain 'B' and (resid 438 through 439 )	B	F	438 - 439	424 - 425
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	L	1 - 197	1 - 197
14	14	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	L	198 - 440	198 - 440
15	15	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	Q	1 - 88	1 - 86
16	16	chain 'D' and (resid 89 through 441 )	D	Q	89 - 441	87 - 426
17	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	U	6 - 46	1 - 26
18	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	U	47 - 143	27 - 123
19	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	V	1 - 66	1 - 66
20	20	chain 'F' and (resid 67 through 165 )	F	V	67 - 165	67 - 132
21	21	chain 'F' and (resid 166 through 283 )	F	V	166 - 283	133 - 241
22	22	chain 'F' and (resid 284 through 380 )	F	V	284 - 380	242 - 328

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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