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- PDB-8b77: The crystal structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b77
タイトルThe crystal structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon containing dATP in the polymerase active site
要素
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • Primer DNA sequence
  • Template DNA sequence
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-DNA complex / N828V / ribonucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain ...: / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
Model detailsThe ternary complex structure of N828V variant of DNA Pol Epsilon with an incoming dATP and template DNA
データ登録者Parkash, V. / Johansson, E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Cancerfonden スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: A sensor complements the steric gate when DNA polymerase epsilon discriminates ribonucleotides.
著者: Parkash, V. / Kulkarni, Y. / Bylund, G.O. / Osterman, P. / Kamerlin, S.C.L. / Johansson, E.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: Primer DNA sequence
T: Template DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7725
ポリマ－145,2413
非ポリマー5312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The wild type structure of the ternary complex has been solved before (PDB ID 4m8o).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area51820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.994, 71.030, 155.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 137058.594 Da / 分子数: 1 / 変異: N828V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 Primer DNA sequence


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA sequence


分子量: 4889.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月3日
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→78.8 Å / Num. obs: 43465 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 4612 / CC1/2: 0.42 / Rrim(I) all: 0.79 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m8o

4m8o


解像度: 2.7→65.49 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phenix
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 2175 5.01 %
Rwork0.2363 41241 -
obs0.2381 43416 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.3 Å2 / Biso mean: 82.7567 Å2 / Biso min: 28.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→65.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8764 529 31 0 9324
Biso mean--45.24 --
残基数----1136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.760.40231450.39625812726100
2.76-2.820.38111480.379225752723100
2.82-2.890.40931370.363126212758100
2.89-2.970.32721450.340725642709100
2.97-3.060.3711340.324625682702100
3.06-3.160.3761400.30052608274899
3.16-3.270.35751330.28652595272899
3.27-3.40.31211490.27322596274599
3.4-3.560.29181160.24352593270999
3.56-3.740.32181140.22932630274499
3.74-3.980.26391300.2172610274099
3.98-4.290.21591490.20182541269098
4.29-4.720.20141350.17542360249590
4.72-5.40.22391300.18242425255592
5.4-6.80.2411380.212726482786100
6.8-65.490.22031320.19252726285899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4524-0.4621-0.12313.95751.11772.4674-0.05330.207-0.3689-0.476-0.13250.64020.5173-0.66540.15140.6357-0.1796-0.0420.5503-0.04110.4956-17.6358-0.589312.8999
21.80240.20640.23981.12820.51653.9416-0.0992-0.32760.35670.0388-0.05350.2461-0.2916-0.07670.12570.4477-0.02-0.00610.2438-0.01160.576-6.532121.661936.0528
32.41040.67340.5032.366-0.07430.63430.15290.2062-0.68030.8427-0.2225-0.37241.04530.17030.04891.36870.3658-0.03410.8791-0.09680.705210.5666-12.240536.4794
41.39430.45440.62141.65450.8954.3142-0.0229-0.31820.1870.31210.0447-0.0654-0.05340.7765-0.02180.38070.077-0.02480.5832-0.01940.49848.139119.482547.3346
51.806-0.2712-0.512.672-1.07792.03360.1315-0.4527-0.31860.6101-0.286-0.30450.87461.24080.16521.11820.1643-0.00940.93990.07110.47387.49664.821553.4919
61.2954-1.0731-0.00261.9302-0.62.99860.4435-0.819-0.44570.8302-0.14780.35371.16960.2644-0.32371.09920.0489-0.0140.85160.11030.49713.81964.323148.0273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 274 )A31 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 275 through 658 )A275 - 658
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 659 through 768 )A659 - 768
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 769 through 1186 )A769 - 1186
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (resid 1 through 10 )P1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'T' and (resid 2 through 16 )T2 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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