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万見
- PDB-8b75: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SOLUBLE ADENYLYL CYCLASE IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b75
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SOLUBLE ADENYLYL CYCLASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR TDI-011861
要素Adenylate cyclase type 10
キーワードSIGNALING PROTEIN / SOLUBLE ADENYLYL CYCLASE / ADCY10 / SIGNALING ENZYME / CLASS III CYCLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / glucose catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of mitophagy ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / glucose catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / basal part of cell / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / positive regulation of ossification / neuron projection extension / : / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of ATP biosynthetic process / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / apical part of cell / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / cilium / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, type 10 / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PJU / Adenylate cyclase type 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Steegborn, C. / Kehr, M.
資金援助 ドイツ, 米国, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Pharmacological Evaluation of Second-Generation Soluble Adenylyl Cyclase (sAC, ADCY10) Inhibitors with Slow Dissociation Rates.
著者: Miller, M. / Rossetti, T. / Ferreira, J. / Ghanem, L. / Balbach, M. / Kaur, N. / Levin, L.R. / Buck, J. / Kehr, M. / Coquille, S. / van den Heuvel, J. / Steegborn, C. / Fushimi, M. / Finkin- ...著者: Miller, M. / Rossetti, T. / Ferreira, J. / Ghanem, L. / Balbach, M. / Kaur, N. / Levin, L.R. / Buck, J. / Kehr, M. / Coquille, S. / van den Heuvel, J. / Steegborn, C. / Fushimi, M. / Finkin-Groner, E. / Myers, R.W. / Kargman, S. / Liverton, N.J. / Huggins, D.J. / Meinke, P.T.
履歴
登録2022年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7652
ポリマ－54,2701
非ポリマー4951
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21130 Å2
2
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2946
ポリマ－162,8093
非ポリマー1,4853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area55740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.131, 100.131, 97.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-897-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase type 10 / AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / ...AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / Testicular soluble adenylyl cyclase


分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCY10, SAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96PN6, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-PJU / [(3~{R})-4-[2-[2-[[3-(2-azanyl-6-chloranyl-pyrimidin-4-yl)-1-[bis(fluoranyl)methyl]pyrazol-4-yl]methyl]phenoxy]ethyl]morpholin-3-yl]methanol


分子量: 494.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25ClF2N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodiumacetate, 0.2 M trisodiumcitrate, 15% PEG4000, 10% Glycerol, 277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→48.944 Å / Num. obs: 47921 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 8.44 % / Biso Wilson estimate: 31.513 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 6.78
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 2.42 % / Rmerge(I) obs: 1.814 / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 15090 / CC1/2: 0.14 / Rrim(I) all: 2.24 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CLF

4clf


解像度: 1.82→48.944 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.915 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 2098 4.382 %
Rwork0.2027 45785 -
all0.205 --
obs-47883 95.875 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.299 Å20.15 Å20 Å2
2--0.299 Å2-0 Å2
3----0.971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→48.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3677 0 34 304 4015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.6545387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5161.5658447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8795513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.543514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90810685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.31310175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other2.2680.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.23364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21902
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.22072
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1820.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.280.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2260.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9293.5191919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9273.5191919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6325.2622409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6335.2632410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33.7132031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2993.7132032
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0795.462955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0785.4592956
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.98253.9344491
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.94651.1574405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.82-1.8670.4221070.4123470.4136710.8130.81866.84830.419
1.867-1.9180.4031330.3929020.3935850.7050.70784.65830.395
1.918-1.9730.3511440.36331410.36335070.9170.90193.66980.367
1.973-2.0340.3671440.34731550.34833500.8990.9198.47760.354
2.034-2.1010.3021430.29431070.29432630.9360.93899.60160.295
2.101-2.1740.3411410.26530720.26832150.9220.95399.93780.258
2.174-2.2560.2831340.22629240.22830580.9460.9671000.214
2.256-2.3480.2561280.20428070.20629350.9610.9741000.187
2.348-2.4520.3031260.20127380.20628640.9480.9751000.179
2.452-2.5720.2721180.1925760.19326940.9520.9781000.166
2.572-2.710.1991130.18524720.18625850.9740.9791000.164
2.71-2.8740.2421060.18423230.18624290.9660.981000.162
2.874-3.0720.2351010.18621880.18822890.9690.981000.166
3.072-3.3170.239940.19220540.19421480.9670.9791000.177
3.317-3.6320.206860.16918870.17119730.9750.9851000.161
3.632-4.0580.187780.15617050.15817830.9770.9871000.15
4.058-4.680.186700.13215210.13415910.9810.9891000.13
4.68-5.7190.186590.14712740.14913330.9840.9891000.142
5.719-8.0330.262460.21210100.21410560.9590.9781000.198
8.033-48.9440.255270.1975810.1996100.9540.97499.67210.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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