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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b74 | ||||||
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タイトル | Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4 | ||||||
要素 | Oxidoreductase酸化還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Tyrosinase (モノフェノールモノオキシゲナーゼ) / procaryote | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hahella (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.965 Å | ||||||
データ登録者 | Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N. | ||||||
資金援助 | ノルウェー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4 著者: Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N. / Landsem, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b74.cif.gz | 178.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b74.ent.gz | 136.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52037.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hahella (バクテリア) / 遺伝子: BTA51_09820 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A261GRE4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 Bis-Tris pH 5.5, 20 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.965→78.271 Å / Num. obs: 32382 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.965→1.999 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.781 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Alphafold 解像度: 1.965→78.271 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.291 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.633 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.965→78.271 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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