+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b74 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4 | ||||||
Components | Oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase / procaryote | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Hahella (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.965 Å | ||||||
Authors | Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N. | ||||||
Funding support | Norway, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4 Authors: Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N. / Landsem, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8b74.cif.gz | 178.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8b74.ent.gz | 136.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8b74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 52037.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hahella (bacteria) / Gene: BTA51_09820 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A261GRE4 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M LiSO4, 0.1 Bis-Tris pH 5.5, 20 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.965→78.271 Å / Num. obs: 32382 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.965→1.999 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.781 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Alphafold Resolution: 1.965→78.271 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.291 / SU ML: 0.117 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.633 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.965→78.271 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|