PDB-8b74: Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b74

タイトル

Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase / procaryote

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol oxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hahella (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.965 Å

データ登録者

Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tyrosinase from halophilic bacterium Hahella sp. CCB MM4
著者: Rohr, A.K. / Santos, G.A. / Englund, A.N. / Landsem, E.

履歴

登録	2022年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b74.cif.gz	178.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b74.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b74_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b74_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	8b74_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8b74_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase

52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.140, 55.572, 156.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 52037.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hahella (バクテリア) / 遺伝子: BTA51_09820 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A261GRE4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 Bis-Tris pH 5.5, 20 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.965→78.271 Å / Num. obs: 32382 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.965→1.999 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 1605 / CC_1/2: 0.781 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 1.965→78.271 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.291 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	1557	4.808 %
R_work	0.1748	30824	-
all	0.177	-	-
obs	-	32381	99.164 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.961 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.926 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.965→78.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3408	0	0	183	3591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.011	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.111	1.642	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.735	1.562	6980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.049	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.55	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.102	10	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.539	10	182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.316	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.133	3.323	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.136	3.324	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.348	4.94	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.354	4.942	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.438	3.669	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.437	3.672	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.082	5.325	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.081	5.327	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.322	44.235	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.337	43.863	4059

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.965-2.016	0.304	115	0.258	2245	0.261	2364	0.923	0.942	99.8308	0.244
2.016-2.071	0.29	116	0.23	2202	0.233	2321	0.938	0.958	99.8708	0.218
2.071-2.131	0.297	113	0.214	2149	0.218	2266	0.941	0.965	99.8235	0.2
2.131-2.196	0.249	103	0.197	2051	0.199	2164	0.951	0.974	99.5379	0.183
2.196-2.268	0.223	93	0.187	2013	0.188	2108	0.966	0.977	99.9051	0.173
2.268-2.348	0.253	110	0.181	1957	0.185	2071	0.964	0.979	99.8069	0.165
2.348-2.436	0.229	123	0.175	1896	0.178	2025	0.966	0.981	99.7037	0.162
2.436-2.536	0.255	84	0.176	1800	0.18	1888	0.963	0.981	99.7881	0.163
2.536-2.648	0.242	81	0.183	1758	0.185	1845	0.966	0.98	99.6748	0.171
2.648-2.778	0.294	85	0.188	1669	0.193	1759	0.945	0.978	99.7157	0.179
2.778-2.928	0.257	87	0.195	1589	0.198	1689	0.961	0.976	99.2303	0.189
2.928-3.105	0.284	77	0.191	1509	0.195	1593	0.956	0.977	99.5606	0.189
3.105-3.319	0.205	60	0.178	1443	0.179	1511	0.974	0.981	99.4706	0.184
3.319-3.584	0.196	56	0.171	1339	0.172	1403	0.977	0.984	99.4298	0.181
3.584-3.926	0.158	59	0.155	1213	0.155	1307	0.983	0.987	97.3221	0.172
3.926-4.388	0.171	62	0.134	1083	0.136	1185	0.983	0.989	96.6245	0.157
4.388-5.064	0.19	42	0.137	998	0.139	1076	0.982	0.989	96.6543	0.162
5.064-6.195	0.223	53	0.145	832	0.15	907	0.976	0.987	97.5744	0.173
6.195-8.734	0.157	18	0.169	684	0.169	728	0.982	0.982	96.4286	0.205
8.734-78.271	0.225	20	0.196	394	0.197	444	0.985	0.971	93.2432	0.275

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関連情報:EMDBヘッダ

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