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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b72 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with Z30857828 | ||||||
要素 | 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / FABA (ソラマメ) / PA1610 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, D.A. / Moynie, L. / Naismith, J.H. / Gray, D.W. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with Z30857828 著者: Robinson, D.A. / Gray, D.W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b72.cif.gz | 186.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b72.ent.gz | 148.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b72 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4cl6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18768.533 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: fabA, PA1610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O33877, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase #2: 化合物 | ChemComp-M25 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→71.55 Å / Num. obs: 92452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 13512 / CC1/2: 0.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4CL6 解像度: 1.87→71.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.523 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 235.91 Å2 / Biso mean: 45.488 Å2 / Biso min: 27.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.87→71.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.873→1.922 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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