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万見
- PDB-8b6y: NMR assignment and structure of a peptide derived from the membra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6y
タイトルNMR assignment and structure of a peptide derived from the membrane proximal external region of HIV-1 gp41 in the presence of hexafluoroisopropanol
要素Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN / envelope glycoprotein / HIV-1 / epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Jimenez, M.A. / Partida-Hanon, A. / Nieva, J.L.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2020-112821GB-I00 スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2021-126014OB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular recognition of a membrane-anchored HIV-1 pan-neutralizing epitope.
著者: Torralba, J. / de la Arada, I. / Partida-Hanon, A. / Rujas, E. / Arribas, M. / Insausti, S. / Valotteau, C. / Valle, J. / Andreu, D. / Caaveiro, J.M.M. / Jimenez, M.A. / Apellaniz, B. / ...著者: Torralba, J. / de la Arada, I. / Partida-Hanon, A. / Rujas, E. / Arribas, M. / Insausti, S. / Valotteau, C. / Valle, J. / Andreu, D. / Caaveiro, J.M.M. / Jimenez, M.A. / Apellaniz, B. / Redondo-Morata, L. / Nieva, J.L.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2201
ポリマ－3,2201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 3219.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A0A2P1GRC5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
151isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
162isotropic12D 1H-1H COSY
172isotropic12D 1H-1H TOCSY
182isotropic12D 1H-1H NOESY
1102isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM C-MPER-TMD690, 67.5 % H2O, 7.5 % [U-100% 2H] D2O, 25 % [U-98% 2H] HFIP, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.9 mM C-MPER-TMD690, 75 % [U-100% 2H] D2O, 25 % [U-98% 2H] HFIP, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, 100% D2Osample_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMC-MPER-TMD690natural abundance1
67.5 %H2Onatural abundance1
7.5 %D2O[U-100% 2H]1
25 %HFIP[U-98% 2H]1
2 mMHEPESnatural abundance1
0.1 mMDSSnatural abundance1
0.9 mMC-MPER-TMD690natural abundance2
75 %D2O[U-100% 2H]2
25 %HFIP[U-98% 2H]2
2 mMHEPESnatural abundance2
0.1 mMDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 2 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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