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万見
- PDB-8b6v: Mp2Ba1 pre-pore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6v
タイトルMp2Ba1 pre-pore
要素Mpf2Ba1
キーワードTOXIN / Pore-forming protein / oligomer / pre-pore / MACPF / insecticidal / pesticide
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MACPF/perforin-like, beta-prism domain / MABP domain / MABP domain profile. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MACPF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas monteilii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Marini, G. / Poland, B. / Leininger, C. / Lukoyanova, N. / Spielbauer, D. / Barry, J. / Altier, D. / Lum, A. / Scolaro, E. / Perez Ortega, C. ...Marini, G. / Poland, B. / Leininger, C. / Lukoyanova, N. / Spielbauer, D. / Barry, J. / Altier, D. / Lum, A. / Scolaro, E. / Perez Ortega, C. / Yalpani, N. / Sandahl, G. / Mabry, T. / Klever, J. / Nowatzki, T. / Zhao, J.Z. / Sethi, A. / Kassa, A. / Crane, V. / Lu, A. / Nelson, M.E. / Eswar, N. / Topf, M. / Saibil, H.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural journey of an insecticidal protein against western corn rootworm.
著者: Guendalina Marini / Brad Poland / Chris Leininger / Natalya Lukoyanova / Dan Spielbauer / Jennifer K Barry / Dan Altier / Amy Lum / Eric Scolaro / Claudia Pérez Ortega / Nasser Yalpani / ...著者: Guendalina Marini / Brad Poland / Chris Leininger / Natalya Lukoyanova / Dan Spielbauer / Jennifer K Barry / Dan Altier / Amy Lum / Eric Scolaro / Claudia Pérez Ortega / Nasser Yalpani / Gary Sandahl / Tim Mabry / Jeffrey Klever / Timothy Nowatzki / Jian-Zhou Zhao / Amit Sethi / Adane Kassa / Virginia Crane / Albert L Lu / Mark E Nelson / Narayanan Eswar / Maya Topf / Helen R Saibil /
要旨: The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity ...The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity and new proteins are urgently needed to replace those utilized for existing transgenic traits. We identified an insecticidal membrane attack complex/perforin (MACPF) protein, Mpf2Ba1, with strong activity against the devastating coleopteran pest western corn rootworm (WCR) and a novel site of action. Using an integrative structural biology approach, we determined monomeric, pre-pore and pore structures, revealing changes between structural states at high resolution. We discovered an assembly inhibition mechanism, a molecular switch that activates pre-pore oligomerization upon gut fluid incubation and solved the highest resolution MACPF pore structure to-date. Our findings demonstrate not only the utility of Mpf2Ba1 in the development of biotechnology solutions for protecting maize from WCR to promote food security, but also uncover previously unknown mechanistic principles of bacterial MACPF assembly.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mpf2Ba1
C: Mpf2Ba1
D: Mpf2Ba1
E: Mpf2Ba1
F: Mpf2Ba1
G: Mpf2Ba1
H: Mpf2Ba1
I: Mpf2Ba1
J: Mpf2Ba1
K: Mpf2Ba1
L: Mpf2Ba1
M: Mpf2Ba1
N: Mpf2Ba1
O: Mpf2Ba1
P: Mpf2Ba1
Q: Mpf2Ba1
R: Mpf2Ba1
S: Mpf2Ba1
T: Mpf2Ba1
U: Mpf2Ba1
V: Mpf2Ba1
W: Mpf2Ba1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,099,68844
ポリマ－1,099,15322
非ポリマー53522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area94910 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area362400 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Mpf2Ba1


分子量: 49961.504 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas monteilii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A4Y8SM08
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mpf2Ba1 22-mer pre-pore / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas monteilii (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64248 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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