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万見
- PDB-8b6k: The crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6k
タイトルThe crystal structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon containing dCTP in the polymerase active site
要素
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • Primer DNA sequence
  • Template DNA sequence
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ ...gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily ...DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
Model detailsThe ternary complex structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon with an incoming ribonucleotide ...The ternary complex structure of M644G variant of DNA Pol Epsilon with an incoming ribonucleotide CTP and template DNA
データ登録者Parkash, V. / Johansson, E.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Cancerfonden スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: A sensor complements the steric gate when DNA polymerase epsilon discriminates ribonucleotides.
著者: Parkash, V. / Kulkarni, Y. / Bylund, G.O. / Osterman, P. / Kamerlin, S.C.L. / Johansson, E.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: Primer DNA sequence
T: Template DNA sequence
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
C: Primer DNA sequence
D: Template DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,42810
ポリマ－290,4146
非ポリマー1,0144
水00
1
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
P: Primer DNA sequence
T: Template DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7145
ポリマ－145,2073
非ポリマー5072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area50210 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
C: Primer DNA sequence
D: Template DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7145
ポリマ－145,2073
非ポリマー5072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area50160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.370, 70.420, 158.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.690, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 136999.406 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon / 変異: M644G, D290A, E292A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 Primer DNA sequence


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA sequence


分子量: 4914.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10mM Tris, 15% PEG8K,10mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9125 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月3日
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9125 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→86.72 Å / Num. obs: 109188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5329 / CC1/2: 0.08 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSv2021データ削減
XSCALEv2021データスケーリング
PHASER3.55位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m8o

4m8o


解像度: 2.5→86.72 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 5660 5.19 %
Rwork0.2281 103351 -
obs0.2297 109011 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.81 Å2 / Biso mean: 59.3961 Å2 / Biso min: 19.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→86.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17580 1062 58 0 18700
Biso mean--34.57 --
残基数----2266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.530.41211670.39633428359598
2.53-2.560.41871830.382633773560100
2.56-2.590.37531970.373134443641100
2.59-2.620.36951630.348534443607100
2.62-2.660.35951730.352734223595100
2.66-2.690.36261690.34634773646100
2.69-2.730.39952080.340433823590100
2.73-2.770.35882100.330733953605100
2.77-2.820.34111900.31363432362299
2.82-2.860.34621790.316734243603100
2.86-2.910.36851960.307834293625100
2.91-2.960.35311650.310234433608100
2.96-3.020.3471950.294234453640100
3.02-3.080.34092180.293334143632100
3.08-3.150.32771770.281234453622100
3.15-3.220.30411880.27263454364299
3.22-3.30.32171930.266333833576100
3.3-3.390.3171850.25693450363599
3.39-3.490.28571530.2313464361799
3.49-3.610.2831890.217834653654100
3.61-3.730.24841960.211234243620100
3.73-3.880.24642090.198934423651100
3.88-4.060.21771970.182934583655100
4.06-4.270.18981730.171534673640100
4.27-4.540.19122090.151534533662100
4.54-4.890.16671990.14943433363299
4.89-5.390.16021780.159735273705100
5.39-6.160.22341950.179835013696100
6.16-7.770.20462010.1935393740100
7.77-86.720.16722050.16063490369596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33360.33270.54231.08480.41861.6628-0.0198-0.02960.078-0.0024-0.10930.40720.0588-0.19070.09870.25410.01730.01670.1773-0.0360.403313.3475-9.539760.6663
23.5732-2.9924-0.40255.0284-1.70531.70920.04380.2490.2847-0.36820.02130.3679-0.2310.061-0.0680.385-0.0113-0.17090.4567-0.1170.61160.636-0.985645.0817
34.7444-1.8108-2.65347.30923.5419.37640.09120.8565-0.7103-0.6049-0.38870.22240.6978-0.49880.28870.2652-0.0223-0.01290.3572-0.29620.655415.1562-11.351847.8075
46.4731-1.69822.24942.9601-2.89963.1068-0.05260.05530.32310.1255-0.10490.9741-0.4842-0.67860.09790.37820.1196-0.04780.3528-0.09210.68034.2147-0.406550.6384
51.8488-0.37520.7920.8803-0.22951.9681-0.0184-0.15710.01940.102-0.0142-0.11860.0985-0.02650.02820.2409-0.0565-0.00610.23780.01210.2857-43.514624.678511.5184
65.36823.89811.84984.18542.05553.6292-0.2495-0.25710.30310.12670.0314-0.2022-0.489-0.01860.19810.3314-0.0175-0.12570.47130.0750.5917-31.586932.781226.4719
76.72291.61341.90813.56692.15583.8717-0.3932-0.01910.6427-0.0405-0.023-0.6276-0.76380.67390.37220.31-0.1026-0.06350.38720.03060.4487-34.155634.19721.1811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 30 through 1185)A30 - 1185
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'P' and resid 1 through 10)P1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'P' and resid 11 through 11)P11
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'T' and resid 2 through 16)T2 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 31 through 1185)B31 - 1185
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 1 through 11)C1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'D' and resid 2 through 16)D2 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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